文天祥殉宋 忽必烈善用漢臣
雖然南宋朝廷歸順了元朝，元軍也占領了大部分宋朝國土，但在南部一些地區仍有不願降元的南宋大臣再建小朝廷，繼續進行抵抗，代表人物正是文天祥。
江山一統
文天祥在中國歷史上以忠義聞名，他的那句「人生自古誰無死，留取丹心照汗青」迄今很多人都耳熟能詳。他在殿試時作「御試策」切中時弊，提出改革方案，表述政治抱負，被主考官譽為「忠君愛國之心堅如鐵石」，並由理宗皇帝親自定為601名進士中的狀元。
此後十幾年中，文天祥因直言斥責宦官董宋臣、譏諷賈似道而被貶斥，幾度宦海沉浮。忽必烈於1274年派大軍攻宋之際，文天祥奉命火速增援臨安門戶獨松關，未到目的地，關已失守。他急返臨安，準備死戰。此後，他臨危受命，出任丞相，與元軍議和。因元軍主帥伯顏十分欣賞文天祥，想讓他歸附元朝，所以將他扣留軟禁，並將他押解北上。
文天祥初以絕食抗議，在船行至鎮江時，他與隨從逃脫，歷盡艱險後抵達溫州，與大臣張世傑、陸秀夫等共同擁立年僅9歲的趙罡即位，是為宋端宗。隨後，文天祥奉詔入福州，任樞密使，同時都督諸路軍馬，往南劍州（今福建南平）建立督府，派人赴各地募兵籌餉，號召各地起兵禦敵。
元軍攻入福建後，宋端宗隨大臣一起逃至海上，在廣東一帶乘船漂泊。1277年，文天祥率軍移駐龍巖、梅州（廣東梅縣），挺進江西。在雩都（今江西南部）大敗元軍，攻取興國，收復贛州10縣、吉州4縣，江西各地因此響應，抗元力量復起。這使得忽必烈大為震驚，他遂命漢將張弘范、李恆率領元軍，水陸並進，掃平宋朝殘餘勢力。
此後，元軍主力進攻文天祥興國大營，文天祥寡不敵眾率軍北撤，敗退廬陵、河州（今福建長汀），損失慘重，妻子兒女也被元軍擄走。
1278年春末，宋端宗病死，陸秀夫等再擁立6歲的小皇帝趙昺，朝廷遷至距廣東新會縣五十多裡的海中彈丸之地，加封文天祥為信國公。冬天，文天祥率軍進駐潮州潮陽縣，欲憑山海之險屯糧招兵，尋機再起。然而元軍水陸並進，發起猛攻。
年底，文天祥在海豐北五坡嶺遭元軍突然襲擊，兵敗被俘，立即服冰片自殺，未果。元朝大將張弘范等勸他歸順，但遭到拒絕。
1279年二月，元軍攻打到南宋最後的據點崖山，宋軍殘部寡不敵眾，全軍覆沒。陸秀夫背著小皇帝投海而死，大將張世傑保護著楊太妃試圖逃脫，結果，被一場突來的颶風淹沒在大海中。
忽必烈能夠戰勝宋朝，除了南宋朝廷腐敗、氣數已盡和其積極準備外，還在於他順應天意民心，優待和重用宋朝降臣，並在攻下城池後採用止殺、禁止搶掠政策，以此贏得了民心。
大宋王朝在歷史的舞台上徹底謝幕了，忽必烈終於征服了包括南方在內的中國全境，以文治武功結束了中原的分裂局面，一個統一的王朝元朝成為了歷史大舞台的焦點，被中華文明深深折服的忽必烈繼續在這個大舞台上推行漢制。
忽必烈愛才心切 文天祥拒降殉宋
南宋將領文天祥在被俘後寫下歌以詠志的五言長詩《正氣歌》。（羊妹／大紀元製圖）
崖山之戰後，張弘范再次勸文天祥歸附：「國亡，丞相忠孝盡矣，能改心以事宋者事皇上，將不失為宰相也。」文天祥不為所動，請求以死報國。張弘范上書忽必烈，請示如何處理。忽必烈愛其才，1283年1月8日召見文天祥，親自勸降。文天祥答曰：「一死之外，無可為者。」甚至是被俘的宋恭帝趙㬎來勸降，文天祥也置之不理。
第二天，被俘六年的文天祥以身殉宋，終年47歲。行刑後不久，「俄有詔使止之」，然而文天祥已死，忽必烈惋惜說：「好男子，不為吾用，殺之誠可惜也！」蒙元編寫的《宋史》中也對文天祥、陸秀夫、張世傑等人的忠君氣節備加讚譽。
而忽必烈能夠取得江山的一統，還有一個關鍵因素，即他大膽任用並信任漢人謀士、大臣和將領，除了之前提到的金蓮川幕府成員、劉整外，還需要提及的是史天澤和張弘范二人。
「上不疑而下無怨」的漢人丞相史天澤
史天澤，是史秉直的第三子。史家原是河北真定地區頗有實力的軍閥，本來臣服於金國，1213年蒙古攻擊金國時，史秉直率數千人歸附了成吉思汗的大將木華黎。木華黎令史秉直仍統率其族眾，屯駐霸州（今河北霸縣），並以其子史天倪為萬戶，史天澤則任帳前總領。
史載，史天澤身長八尺，聲如洪鐘，善騎射，勇力超群，能文能武。1220年，金朝真定經略使武仙投降蒙古，史天倪被任命為河北西路兵馬都元帥，守衛真定，武仙為副帥。史天澤跟隨兄長一同鎮守真定。
孰料，1225年，在史天澤護送母親北歸後不久，武仙叛亂，並殺死史天倪，再歸金國。史天澤毅然南還，聚集部眾。按照蒙制，史天澤繼承兄職為都元帥，他率軍擊敗武仙，收復真定。其後，他又擊敗與武仙勾結的南宋大名總管彭義斌和武仙與真定城中內應的反叛，穩定了真定局勢。
史天澤以真定為中心，任用原金朝治下的儒士和官員，修城牆、建城樓，以防敵人侵犯；還招集流散人民，撫恤貧困百姓。幾年之間，取得了一定成效。
1229年窩闊台即汗位後，選史天澤、劉黑馬、蕭札喇為三大帥，統領漢兵。史天澤任真定、河間、大名、東平、濟南五路萬戶。他也成為了漢人的一大世侯。
窩闊台時期，史天澤再一次打敗武仙，並接受命令統兵伐金，攻占了京東之地，連續招降了太康（今河南太康）、拓縣（今河南林縣北）、瓦岡（今河南滑縣南）、眼州（今河南雅縣）等地，並在陽邑（今河南登封東南）斬殺金將完顏慶山奴。
其後，史天澤輕騎去支援被金兵圍困的新衛，告訴他們「援兵將要到了」。待大軍到後，與史天澤軍夾擊，大敗金軍。在金哀宗遷都蔡州（今河南汝陽）後，窩闊台命蒙軍大軍圍攻。史天澤軍從北面進攻，結筏潛渡，血戰數日，立下戰功。1234年正月，蔡州城破，金哀宗自殺，金朝滅亡。史天澤率軍返回真定。
金國滅亡後，蒙古大軍繼續南伐西征。因賦稅繁重，百姓不堪重負。史天澤上奏朝廷，由官府代民償付一本一息。又選中等戶入軍籍，所徵賦稅按貧富而定。當時連年蝗旱，百姓不得不借貸繳納貢賦，如此借款達到一萬三千餘錠。史天澤為減輕百姓負擔，傾其家資，與族屬、官吏共同償還了這筆債務。
史天倪之子史揖長大後，史天澤立即引史楫覲見窩闊台，請求解去自己都元帥之職，轉授史揖。窩闊台感歎說：「過去爭官者多、讓職者少。你這樣做，實在應該稱讚。」隨即特任史楫為真定兵馬都總管。
在窩闊台和蒙哥隨後攻宋的戰爭中，史天澤亦率軍參與，勇敢衝鋒陷陣，攻下宋朝城池，屢立戰功。
1252年，蒙哥汗賜給史天澤衛州五城，其賦稅收入為他所有。當時，「漢地不治」，官員的暴虐和嚴苛的賦稅，使許多地方人口流失、土地荒蕪嚴重，河南、陝西尤為厲害。忽必烈在河南的封地也遇到了這樣的問題，他聽說史天澤之能，遂奏請任其和趙璧為經略使。史天澤和趙璧到任後，選賢才，置提領，察奸弊，均賦稅，更鈔法，設行倉，立邊城，誅好惡，肅官吏，置屯田保甲，興利除害，不到兩三年境內大治。忽必烈對其也更加信任。
史天澤還知人善用。每當南征北戰，史天澤必簽數十張空名委札，有可任用者立即委任。衛州成為史天澤食邑後，史天澤命軍前參議王昌齡治理，罷除了以前的一切蠢政。有失職者誣陷王昌齡，史天澤非但不信，反而更加信任他。
蒙哥汗伐宋時，史天澤跟隨由西蜀進軍。後在釣魚城遇阻，蒙軍數月無法破城。夏季，軍中瘟疫流行，蒙哥正打算回師，宋將呂文德率千餘艘戰船，溯嘉陵江而上。蒙軍迎戰不利，蒙哥急命史天澤抗禦。史天澤分軍為兩翼，跨江反擊，並親統舟師順流縱擊，三戰三捷，重創敵艦數百艘，直追到重慶而還。
1260年忽必烈即位後，馬上召見史天澤詢問治國安民之道。史天澤建議「朝廷當先立中書省和六部以正紀綱，設監司以監督各路，施恩澤使人民不反叛元朝，除去貪官污吏，任用賢能之人，頒布官吏俸祿以養廉，嚴禁賄賂以防奸，望能上下相應，內外休息」。忽必烈深以為然，並採納了他的建議。
第二年，史天澤被拜為中書省右丞相。他執政後，凡前所列舉的那些治國安民之術，無不相繼推行。又定省規十條，為中書省的政務樹立了準則。九月，他扈從忽必烈親征阿里不哥，至昔木土之地，史天澤率領左軍，合力夾攻，阿里不哥敗走。
之後，史天澤又被委以重任，節度諸將平息李檀之亂，但他從未把皇帝親授的詔書示人。平叛回來後，忽必烈慰勞他，他卻把這次平叛功勞歸於諸將，可見其為人謹慎謙遜。叛亂平定後，一些儒臣上書，認為亂事之起，是由於諸侯權重。史天澤遂上奏：「兵事、民事的機權，不可以集中在一家手裡。罷去諸侯兵權，請從臣家開始。」史氏子侄即日解除兵權者有17人，史天澤之心胸坦蕩非比尋常。
1266年，仍為右丞相的史天澤被封為輔國上將軍、樞密副使，次年，再授光祿大夫，改任中書左丞相。1269年，忽必烈因宋朝沒有歸附，欲取襄漢地區，詔令史天澤與駙馬忽刺到襄陽實地勘察，規劃戰略。他們到襄陽後，選出要害之地，築城堡工事，貯藏兵儲，作攻南宋準備。
第二年，史天澤因病返回燕地。之後，又晉升開府儀同三司、平章軍國重事。忽必烈考慮到他的身體情況，規定：中書尚書兩省、樞密院、御史台，一月或一旬內，遇大事須與史天澤商議，小事則不必煩他。足見對他的重視和關愛。
1273年，史天澤與阿朮等攻克樊城，襄陽降。第二年，忽必烈詔令史天澤與丞相伯顏總領大軍自襄陽水陸並進伐宋。到達郢州時，史天澤因病北還至真定，忽必烈非常關心他的病情，派其子史槓與管理醫藥的官去看望、送藥。
1275年3月5日，史天澤在真定病逝，享年74歲。他逝世前上奏：「臣天年有限，死不足惜。但願天兵渡江，慎勿殺掠。」忽必烈聽聞噩耗後震驚哀悼，派近臣追賜史家白金二千五百兩，並追贈史天澤為太尉，諡號「忠武」。後累贈太師，進封鎮陽王，朝廷還為其立廟紀念。
雖然史天澤沒有看到元朝大一統的那一天，但他制定的攻宋戰略對元軍戰勝宋軍、一統江山奠定了至關重要的基礎。
史載，史天澤器量涵弘，識慮明哲，知時識勢，應變制宜，平時從不自誇其能，但遇大事時則毅然以安天下為己任。據說他拜相之日，門庭悄然無聲。在中書省為相後，他善於傾聽屬下不同意見，決斷事情有時秉承上意，有時據理更改，進行多方周旋。他四十歲開始攻讀書史，尤熟悉《資治通鑑》，其立論多出人意料之外。
史天澤出為將、入為相五十年，能做到「上不疑而下無怨」，人們把他比作唐朝名將郭子儀和北宋名將曹彬。忽必烈有此能文能武大臣輔佐，焉知不是上天的安排？
被賜「拔都」稱呼的鎮國大將軍張弘范
張弘范，是成吉思汗時期都元帥張柔的第九子，他有八個哥哥、兩個弟弟。忽必烈金蓮川幕府的重要成員郝經曾是張家子弟的家庭教師。在良好的教育下，長大後的張弘范是文武全才。
20歲時，他身長七尺，儀表堂堂。當時男子成年都有蓄鬚的風尚，張弘范長鬚垂胸，算得上一位美髯公。他不僅能騎善射，而且以善使馬槊（即古代的武器長矛）知名於世。除此之外，他口才很好，還擅長寫詩做歌。
當時，他的八哥張弘略任順天路總管，去壽陽行都報告一年內本路戶口、田地和賦稅徵收等政事，張弘范代行兄之職務，吏民都佩服他辦事果斷、有條有理。他還雷厲風行地整頓了轄下蒙古軍的軍紀。
1260年忽必烈即汗位後，24歲的張弘范被任命為御用局總管。1262年，改任行軍總管，跟隨親王合必赤討伐山東的李璮叛亂。在軍中，他嚴以律己、廉潔奉公，處理日常工作公平合理，信賞必罰，對待士兵疾苦也是十分關心，這讓他贏得了聲望。
在平叛過程中，張弘范開始展現其軍事才能，使用誘敵之法消滅叛軍部分力量，並因此得到了忽必烈的器重。平叛後，張弘略被調入忽必烈的親衛怯薛軍，忽必烈親自把金虎符交給張弘范，讓其接任順天路管民總管。彼時，佩帶金虎符是一種特殊榮譽。
1265年，張弘范調任大名太守。他在上任前微服私訪後，發現了官吏們非法加徵賦稅，導致群眾怨聲載道，因此他上任後第一件事就是懲辦那些不法的官吏。他很快就得到了所轄百姓的擁護。那一年正趕上大水災，許多百姓的房屋都被淹沒了，很多人都交不起賦稅，張弘范就自作主張免除了賦稅。忽必烈也並沒有治他的專斷之罪。
1269年，蒙軍圍攻襄陽，圍困襄陽的漢人軍隊大部分是平叛後改編了的李璮舊部，以勇狠驕悍、難加管束著稱，統領他們的人必須是一個有本事又得軍心的將領，忽必烈一下子想到了張弘范，就任命他擔任益都、淄萊等路行軍萬戶。張弘范向主帥伯顏建議用重兵圍困襄陽，首先應切斷襄陽的糧道，伯顏採納了他的建議，並派他率兵千人去戍守萬山糧道。在萬山城堡，張弘范遭遇了進犯的宋軍，他沉著應戰，以少勝多，取得了意想不到的勝利。
1271年，伯顏再次接受張弘范的建議，在逼進襄陽的地方構築「一字城」，即把原來是一個整體的襄樊軍事防區切割成兩份，先攻破樊城。
第二年，在攻打樊城時，張弘范肘部中箭，他包紮好傷口後馬上去見伯顏，提出「若截攔江道，阻斷援軍，水陸夾攻，樊城必破，樊城破則襄陽無所依恃」。伯顏依此而行，樊城被攻陷，襄陽守將投降。這場最為關鍵的戰役勝利後，張弘范以襄樊戰役的功勳帶著降將呂文煥去見忽必烈，受到了「賜錦衣、白金、寶鞍」等獎勵。他的部下也都受到了獎賞。
1274年，伯顏開始發起了對南宋新的攻勢。伯顏分兵兩路，一路進攻淮西和淮東，直指揚州；一路由他率領，直撲臨安，主力大將是阿里海牙，張弘范隸屬阿里海牙軍團之下。元軍一路勢如破竹，張弘范在鎮江將張世傑所率水軍擊潰，又在丁家洲之戰中擊敗賈似道率領的13萬宋軍，之後長驅直抵建康。
元軍正欲繼續前進時，忽必烈遣使告誡伯顏毋輕貪進，天氣炎熱，應稍稍休整，待命前進。張弘范卻認為，此時宋軍勢已衰，元軍正可以乘破竹之勢連續進攻，「豈應遲緩而讓敵人的計劃得逞？」伯顏深以為然，遂回朝當面向忽必烈奏明江南形勢，並得到繼續進軍的旨令。
其後，張弘范率軍又取得瓜洲、焦山之戰的勝利，南宋全線潰敗於焦山。焦山之戰是臨安陷落之前元軍伐宋的最後一次大戰役，張弘范奪戰艦80艘、俘虜數千人。由於這次戰役的功勞，忽必烈賜他以「拔都」（蒙語意為勇士）榮譽稱號，並改授他毫州萬戶。
1275年十月，張弘范班師北還，被授予鎮國上將軍、江東道宣慰使。在他返回大都後不久就病倒了，忽必烈特命御醫前往診治，並規定每日上報病情，還派近侍傳口諭給御醫說：「我有軍國大事，等著同九拔都商量決定，一定要盡心治療，使他迅速恢復健康。」足見忽必烈對張弘范的器重。
1278年，忽必烈任命張弘范為蒙古漢軍元帥，前去攻打南宋小朝廷。臨行前，他以漢人素來不統領蒙古軍為由，請忽必烈委任蒙古臣中可信賴者為首帥，忽必烈表達了對他的信任，並賜予他劍甲，如有不聽命者，可用此劍來處置。張弘范又奏薦李恆為其副帥，得到批准。
果然，張弘范沒有辜負忽必烈的期望，在崖山消滅了南宋小朝廷最後的殘餘力量，並俘獲宋丞相文天祥。其它抵抗力量也隨之偃旗息鼓。嶺海平定後，張弘范在崖山南面刻石記功而還。
1280年十月，立下大功的張弘范病逝，終年43歲。其被追贈銀青榮祿大夫、平章政事，諡「武烈」。1311年，加贈推忠效節翊運功臣、太師、開府儀同三司、上柱國、齊國公，改諡「忠武」。1319年，加保大功臣，加封淮陽王，又改諡「獻武」。
與文天祥同時被俘的南宋禮部侍郎鄧光薦，與張弘范多有交往，在張弘范病逝後，他寫道：「據鞍縱橫，橫槊釃酒，叱咤風生，豪快天縱。存之穹壤，要是古今一奇。」
勸農桑理稅賦 開運河定曆法
先後征服吐蕃、大理和南宋王朝的忽必烈，真正實現了全國的大統一。統一後的元朝疆域遼闊，「北逾陰山，西極流沙，東盡遼左，南越海表。」
全國的大一統，不僅帶給老百姓安定的生活環境，而且有利於經濟的發展，進一步推動了南北經濟文化的交流，加強了各民族間的融合。當時不少蒙古人和色目人湧入內地，與漢人混居，也有漢人搬遷到邊疆少數民族地區。
面對著如此龐大的帝國，忽必烈繼續在全國範圍內推行漢法，發展農業、制定行鈔法、加強水利交通等等。
勸農桑有成效
農桑，歷來是國家的根本，歷朝歷代的明君都非常重視，進入中原並一統天下的忽必烈也不例外。通曉漢俗的他進一步改變了蒙古人「不待蠶而衣，不待耕而食」的習俗，轉而勸農桑、重視農業發展。他在即大汗位之初，首先昭告天下的就是「國以民為本，民以衣食為本，衣食以農桑為本」。為此他採取了若干舉措。
一、設勸農機構。勸農官的設置始於窩闊台汗時期，忽必烈在未即汗位前就已經開始重視農業。1251年，忽必烈接受謀臣的建議，以張耕、劉肅為邢州安撫使和副使，「流民復業」，「不期月，戶增十倍」。1253年，他派姚樞「立京兆宣撫司，以孛蘭及楊惟中為使，關隴大治」。1254年，他以廉希憲為關西道宣撫使、姚樞為勸農使。
1260年，忽必烈命各路宣撫司擇通曉農事者，充隨處勸農官。次年，設勸農司，以陳邃、崔斌等八人為勸農使。1270年，接受左丞相張文謙「王政宜以農桑為本」的建議，立司農司，張文謙為卿，專掌農桑水利，並設四道巡行勸農司，「察舉勤惰」。同年底，又改司農司為大司農司，添設巡行勸農使副各四員。忽必烈還命令各州縣長官將勸農事的成果在每年年終上報給司農司戶部，作為賞罰的一個依據。
1281年，大司農司改為農政院，兩年後又更名為務農司，不久又改為司農寺。過了三年，又復立大司農司。1289年，為擴大棉花種植，設立木棉提舉司。
勸農使和司農司的主要職責是勸課農桑，即「務要田疇開闢、桑麻增盛」，木棉提舉司的職責是在北方小麥區推廣種植木棉，改進紡織技術。在忽必烈和以後的元朝皇帝多次詔諭司農司等勸課農桑，足見對農桑的重視。
木棉提舉司的職責是在北方小麥區推廣種植木棉，改進紡織技術。示意圖，圖為清陳枚繪 《畫耕織圖之攀花》局部。（公有領域）
二、多次發布農桑令，對農桑種植提出指導意見。如1270年頒《農桑之制一十四條》，規定「立社長官司長以教督農民為事。……種植之制，每丁歲種棗二十株。土性不宜者，聽種榆柳等，其數亦如之。種雜果者，每丁十株，皆以生成為數，願多種者聽」。
三、立社勸農桑，推廣農業生產知識和技術。忽必烈時期，在鄉間，實行五十家立一農社的辦法，選擇年長通曉農事者為社長，敦促鄉民發展農業水利、推崇孝悌、開設私塾等。而按察司或總管等官員編寫勸農文、勸善書，用通俗文字介紹農桑技術，並要求縣官向社長、社師等宣傳。如1278年河南河北道提刑按察司發布《勸農文》，要求「所在官司，照依已降條畫，遍歷鄉村，奉宣聖天子德意，敦諭社長耆老人等隨事推行」。
1273年，司農司官員奉忽必烈命，參考古今所有農家之書，編輯了《農桑輯要》七卷，推廣先進的農業技術，希望民眾崇本抑末。1279年，淮西江北道按察司「於訪書內採擇到樹桑良法」，行御史台向各地推行。1286年六月「詔以大司農司所定《農桑輯要》書頒諸路」，此後大約每隔五六年就頒行一千四五百部，前後印刷頒布總數約在兩萬部左右。《元史》認為忽必烈此舉「睿見英識，與古先帝王無異，豈遼、金所能比哉」。
四、禁止占農田為牧地，禁止損害莊稼。蒙古人傳統上以放牧為生，自蒙古人入主中原以後，貴族和軍隊占據了大量農田專門用於放牧馬匹等牲畜，因此，忽必烈在即大汗位後多次明令禁止，並將許多牧場重新恢復為農田，禁止掠奪人口為奴。此外，忽必烈還鼓勵蒙古人從事農耕，鼓勵開荒。
在勸農桑的同時，水利興建也得到了重視。1261年在河南開鑿廣濟渠，可灌溉民田三千多頃。翌年，又任命懂水利的郭守敬負責諸路河渠。
忽必烈關心民生、減輕民眾負擔的政策，十年後就取得了顯著成效。黃河流域的農業生產得到了較快的恢復和發展，民間開闢農田較以往增加了數倍，「野無曠土，栽植之利遍天下」，而且「家給人足」、「民庶晏然，年穀豐衍」，人民的生活也更加安定。
由於農桑的發展，忽必烈時人戶大增，明初史臣說：「終世祖之世，家給人足。天下為戶凡一千一百六十三萬三千二百八十一，為口凡五千三百六十五萬四千三百三十七，此其敦本之明效可睹也已。」
理稅賦增加收入
稅賦收入對於任何政權而言都是至關重要的。1260年忽必烈即大汗位後，任用漢人王文統為中書省平章政事，負責這方面的事務。
王文統頗有才智。益都世侯李璮很賞識他，讓自己的兒子彥簡拜他為師，還將自己的女兒嫁給了他。足智多謀的王文統幫助李璮從南宋軍隊手中奪取了久攻不下的漣水和海州（今江蘇漣水和連雲港），因此聲名大噪。
其後，在理財方面也很有才能的王文統在劉秉忠等的推薦下入職中書省，負責日常政務和財政，「凡民間差發、宣課鹽鐵等事」都由他決斷。
王文統首先整頓戶籍，對漢地人口進行分類，然後確定各自需要承擔的朝廷稅賦和徭役。如此整頓，初步改變了蒙古時期戶籍歸屬和稅賦徭役混亂的情況，增加了朝廷的收入。
其次是調整鹽稅收入。在忽必烈「嚴禁製造和販賣私鹽、私酒醋及曲貨等」的禁令下，王文統將專營食鹽的價格由每引（註：古代商人運銷貨物所規定的重量單位）白銀十兩減至七兩，這有利於官府向鹽商批發和推銷行鹽鹽引，進而增加朝廷收入。此外，還加強了對各地經營食鹽的管理。鹽稅收入是大元王朝一項重要且穩定的財政收入。
三是詔行中書省，造中統寶鈔，簡稱中統鈔，面值分為十等，在潁州、漣水、光化軍設立交易市場。
鈔是元代通用紙幣的簡稱。元之前的宋、金雖都發行紙幣，但都與銅錢並用。金朝末年因濫發紙幣造成貶值，民間逐漸以銀論價、市易，銀與絲成為實際上的主要交換媒介和價值尺度。窩闊台時期曾下令發行交鈔，但當時各路地方政府為了方便貿易和籌集經費，也各自印發紙幣在本地使用，因此造成某些混亂和不便。
中統鈔以銀為本位，法定比價鈔一貫同白銀一兩。中統鈔不限年月、不限地點在全國始終通行，同時，實行純紙幣制，禁止金銀和銅錢流通。民間交納賦稅都用寶鈔，並嚴令諸路原行舊鈔限期由原發官司盡數收換，不再使用，規定一切支付以及各種賦稅一概用鈔。1287年，為整頓財政金融，又發行至元金鈔。兩者並行流通，一直到元朝滅亡。
中統鈔的廣泛流通和鈔值物價的平穩，對於百姓的生活和貿易都提供了方便，也有利於國家的財政收入。
王文統的理財政策實行一年後，就有了成效，政府財政收入增加。當燕京的財富運到上都時，忽必烈親自前往查看，還非常高興地說「自祖宗以來，未有如是之多」。王文統之才幹由此可見。
同樣被忽必烈重用的色目人賽典赤於1261年拜為中書省平章政事，與王文統一起統理財政，曾兼理發行中統交鈔，以清廉聞名。1274年成為為雲南設立行省的第一任行政長官，盡職盡責。
興水利開運河 郭守敬建功
忽必烈即大汗位後，意識到南北水運交通十分重要。1262年在丞相張文謙的推薦下，他召見了郭守敬。
1231年出生的郭守敬，幼承祖父郭榮家學，精通五經，熟知天文、算學，擅長水利技術。他從小就勤奮好學，十幾歲時就自製竹製渾儀進行天文觀測。因郭榮與劉秉忠交好，便將少年郭守敬送到因居父喪、在邢台西南的紫金山中讀書的劉秉忠門下學習，郭守敬從其那裡受益匪淺。當時從學的人還有張文謙。
劉秉忠服喪期滿後，又被忽必烈徵召，他就讓郭守敬跟隨張文謙。其後，張文謙亦得到忽必烈的重用，受命到大名路（今河北大名一帶）等地任宣撫司的長官，郭守敬也與張文謙一同前往。所到之處，郭守敬做了許多河道水利的調查勘測工作。
1262年，郭守敬在開平府受到忽必烈的召見。郭守敬面陳關於水利的建議六條，如由中都至通州之舊漕河，引玉泉水可通舟楫，設置漕運，每歲可節省僱車錢六萬緡等等。忽必烈悉數採納，並說「辦事的人都像這樣，那就沒有白吃俸祿的了」。隨即任命他提舉諸路河渠，掌管各地河渠的整修和管理工作。
1263年，朝廷加授郭守敬銀符，使任副河渠使。一年後，修復疏浚河西的唐來、漢延二渠，灌溉田地近十萬頃。
1265年，郭守敬受命為都水少監，他向忽必烈建議疏通燕京之西的金口河道等，忽必烈深以為然，都同意了。1275年，伯顏南征時，打算建立水運站，命郭守敬視察河北、山東一帶可通舟行船的地方，繪圖奏報。
1291年，60歲的郭守敬又被忽必烈找去詢問大都漕運水道，即疏通大運河，將南方物資調到大都來接濟北方之事。郭守敬經過實地勘察後，提出了許多建議。忽必烈欣喜之餘，特別重置都水監，由郭守敬任領都水監事一職。
第二年，疏通運河工程動工。開工之日，忽必烈命丞相以下官員一律到現場，聽郭守敬指揮，這雖然是象徵性舉動，但卻反映了忽必烈的重視和郭守敬在水利方面的權威。
在郭守敬的督導下，開闢了大都的白浮堰，開鑿了由通州到大都積水潭（今北京什剎海）大運河最北的一段——通惠河的修建工程，總長164里。他不僅根據大都的地形地貌解決了通惠河的水源問題，而且按地形地貌變化及水位落差，在運河中設閘壩、斗門，解決了河水的水量和水位。
1293年七月，通惠河修建工程完成。通惠河的開闢，使南北運河全面開通，而江淮漕運可直達大都。以往，通州至大都需要陸運官糧，每歲若干萬石，秋季多雨，運糧驢畜死者不可勝計。新河道開通後，就不再需要陸運官糧了。此外，亦加強了南北方的交流。
當年，忽必烈從上都回到大都，路過積水潭，見其上「舳艫敝 （蔽）水」，大悅，親自題名為「通惠河」，並賜郭守敬鈔一萬二千五百貫，命他仍以太史令職兼提調通惠河漕運事。
此後，郭守敬又建議於澄清閘稍東引水與北壩河相接，且設閘於麗正門西，使船只能環城往來通行，但這一規劃未能實現。
通海運解決大問題
除了開通南北運河外，海運在忽必烈時期也正式成為國家的漕運航路。主要原因是大都人口暴漲，必須解決糧食問題，而元朝每年的糧賦收入1211萬石，有1000萬石來自江南。大運河開通，可使每年調運進京的糧食達到二三百萬石，但仍無法滿足需要。
在這種情況下，有人提議冒險走海路。忽必烈權衡之下，選中了羅壁、朱清、張瑄三人在東海、黃海、渤海三大海域開闢出一條海上航線，後兩位曾是江湖上沒人敢惹的海盜。朱清是崇明姚沙（今上海市崇明區）人，先與張瑄結夥販賣私鹽，後來二人共同淪為海盜。他們稱霸海疆，對海上航道爛熟於心。
三人受命後在上海製造平底海船60艘，又招募了一批漕丁漕夫。忽必烈為鼓勵船隊，每人按一戶五口計算發放口糧。
1283年，三人開啟了海上冒險之旅。船隊載著四萬多石糧食從平江（今江蘇省崑山市）劉家港（今江蘇太倉縣瀏河）入海，經（今江蘇省南通市）海門縣黃連沙頭，抵西海州（今連雲港市南海洲鎮），歷山東膠州、成山，水程共計13050里。然後，再由成山沿內海西進，最終在海津鎮（今天津地區）靠岸。一年後這批糧食運抵大都。這次歷盡坎坷的海上漕運，為南糧北運打開了另一扇大門。
此後，羅、朱、張三人又相繼摸索出兩條新航線，海運效率大增。順利的話，最快十天就可以由浙江抵達大都。《大元海運記》、《元史‧食貨志》的統計顯示，海運運糧數量呈階梯式躥升，最多時一年可達350萬石。途中糧食損耗也由最初的25%下降到1%。海上漕運從此成為關乎元大都存亡的經濟命脈。
羅壁為此受到忽必烈的特別嘉獎：任命其為懷遠大將軍、管軍萬戶，兼管海道運糧。朱、張二人也因開創元代海運而載入史冊。朱清還置辦大批海船，與多國進行貿易，令劉家港成為著名的「六國碼頭」，他因此也積累了大量財富。
1287年，忽必烈下詔設立行泉州司，專掌海運。
確定曆法《授時曆》
早在忽必烈即汗位之初，劉秉忠就建議修正曆法，因為遼、金所使用的《大明曆》已經有二百餘年。但沒等到未付諸實行，劉秉忠就於1274年去世了。直到南宋平定，天下一統，忽必烈想起了劉秉忠之言，才將目光投注到修改曆法之事上。他下詔設太史局，命時任工部郎中的郭守敬與王恂領導南北天文官員分頭觀測，命張文謙與樞密使張易匯總數據呈報，左丞相許衡總負責。
郭守敬認為確定曆法的基礎在於觀測，而觀測首先要有儀表，因此製作了一系列天文儀器，計有簡儀、高表、候極儀、渾天象、玲瓏儀、仰儀、立運儀、證理儀、景符、窺幾、日月食儀、星晷定時儀、正方案、丸表、懸正儀、座正儀等，用以觀測天體運行、經緯度和日月食，還製作了《仰規覆矩圖》、《異渾蓋圖》、《日出入永短圖》，圖與儀表互為參考。
1279年，太史局改為太史院，王恂為太史令，郭守敬為同知太史院事。這一年，郭守敬進呈所製儀表，並向忽必烈詳加解說，建議在廣大的疆域內設多個點進行觀測。忽必烈同意。隨即，在郭守敬的統籌下，設監候官14人，分道至各地進行天文觀測，東至高麗，西極滇池，南越朱崖，北至鐵勒，四海之內設立觀測點共27處，後世稱之為「四海測驗」。
在觀測的基礎上，1280年，《授時曆》完成，製曆工作結束。這是中國歷史上一部精良的曆法。
一年後，王恂去世，郭守敬承擔太史院的全部工作，同時陸續整理成《推步》、《立成》等多種著作。1286年，郭守敬升任太史令，後被任命為昭文館大學士、知太史院事。1316年，郭守敬去世，享年86歲。
選英才 善納諫 崇尚節儉
深受儒家文化影響的忽必烈，深知人才乃是治世之本，他選賢任能，還仿照中原漢制，制定了選拔、考核、監察官員的制度。此外，他如唐太宗一樣善於納諫，亦崇尚節儉。
人才乃是治世之本
忽必烈深知自己能夠一統天下，離不開身邊的謀士、賢臣，因此他充分意識到「用人」的重要性，明白「人才乃治之本」的道理。
早在藩邸時，忽必烈就效仿唐太宗，延攬了一批有才能之士，主要是儒生，來輔佐自己，比如赫赫有名的「金蓮川幕府」。他即大汗位後，亦多次下詔徵求人才，無論是聖賢之後、儒醫卜筮還是通曉天文曆數者和山林隱逸之士。心胸寬廣的忽必烈任人唯才，即只要有真才實學就可以，並不因民族和地域有所區分。在他所重用的人才中，有蒙古人、漢人、色目人、南人、西夏人、外國人等。
至於後人說忽必烈時期開始把人分為四等，推行民族歧視政策，是一種誤解。比如在忽必烈任用南人程鉅夫時，有大臣反對，理由是「鉅夫南人，且年少」，忽必烈回道：「汝未用南人，何以知南人不可用！自今省部台院，必用南人。」同樣，在任用南宋宗室趙孟頫時，也有人反對，說他是南人，恐怕和元人不是一心，不應留在皇帝周圍，但忽必烈照常任用。
實際上，元朝並未特別制定什麼身分差別或等級制度，被當代研究者認為處於最下層的「南人」，也並未發現其遭受什麼殘酷虐待的事情，而被其視為「上等人」的蒙古人中亦有窮困潦倒者。雖然1314年重開科舉考試時區分了四類人的錄取名額，但這並不足以說明存在普遍的歧視。
忽必烈還知人善用，使得人才都可以發揮各自的長處。劉秉忠曾向他建議說：「明君用人，如大臣用材，隨其巨細長短，以施規矩繩墨。」如名儒許衡深通儒家經典，但卻缺乏治世經驗，忽必烈就沒有任用其為宰相，而是讓他負責管理教育等；阿合馬等善於理財，忽必烈就發揮其特長，任用其為宰相，負責理財。史家說忽必烈「度量恢弘，知人善任」是極為中肯的。
重視官吏選拔考核監察
重用人才的同時，忽必烈還非常重視各級官吏的選拔、考核和監察。
1264年還是蒙古大汗時，忽必烈就罷免諸侯世守，裁併路、府、州、縣官吏，推行遷轉法，把官吏的任免權收歸中央。
1277年，在忽必烈的詔准下，中書省頒布了《循行選法體例》，對隨朝官員、外任官員、隨朝吏員、外路吏員、匠官的流轉升遷等進行了具體規定。此外，除了樞密院、御史台和宣政院三大機構委任下屬官吏可以自行選拔上奏外，其它機構的官員均需通過中書省審查。官員升遷，從七品以下歸吏部主管，正七品以上由中書省負責，三品以上大員由皇帝決斷。
那麼普通人如何入仕呢？隋唐以來選拔官員的科舉制雖然在窩闊台時由漢化大臣耶律楚材提出，並得到了窩闊台的認可，但卻只在蒙古帝國統治下的淮河以北的中原地區推行，因此，無論是考試規模還是官方的重視程度都比較有限。窩闊台去世後，貴由、蒙哥期間，科舉考試制度始終沒有被全面推行下來。
到了忽必烈時期，儘管他接受諸位大臣建議，始終同意實行科舉選官制度，但因為種種原因，忽必烈時期並未推行科舉制，而主要是通過薦舉、特召、吏進和承蔭等幾種途徑選拔官員。
薦舉就是各級官員根據出身、品行、才能推舉人才出仕做官。中書省等高級官員及地方大員，都由皇帝任命勛貴、名門和儒吏出身的有才華的人擔任，其中很多來自貴族出身、人才雲集的怯薛軍。
此外，薦舉的人才可以來自各地學校。學校選拔的官吏在元朝比重不小。窩闊台曾令地方籌建學校。1261年，忽必烈令置各地學校官，專管各地學校教學。其學生畢業後，經州縣主官推薦、御史考核後，可任命為教師或吏員。
1269年，朝廷令各路設蒙古語學校，各路、府官員及民間子弟均有入學資格。學生從優參加翰林考試，可以充當學官或譯史（註：官吏名，從事筆譯）。1271年，忽必烈下詔在大都建蒙古國子學，生源限於蒙古人、漢人官員和怯薛的官員子弟。學生只要學有所得，通過學校考試，就有出仕資格。
1287年，朝廷設立國子學，學習內容主要為儒經。學生們通過國子學考試即可被授官。1289年，又設回回國子學，公卿大臣和富家子弟均可以入學，可任各部門譯史。有文才的童子可被地方舉薦入國子學。
此外，元代還設醫學、陰陽學專門學校以培育專業官吏。檔案顯示，忽必烈在位期間，蒙元王朝還建了2萬多所公共學校，讓所有兒童接受普通教育。
1287年，朝廷設立國子學，學習內容主要為儒經。
特召是皇帝下令徵召有特殊才能的人員，這延續了忽必烈在藩邸時四方徵召有才能人士的做法。如1281年下詔「求前代聖賢之後、儒醫卜筮、通曉天文曆數並山林隱逸之士」。
承蔭，顧名思義就是蒙古貴族和各族高官子弟可以通過世襲和蔭補的方式任職，一般採取嫡長子繼承制。如四怯薛的子孫永為宿衛長官；功臣、有軍功的軍官可蔭其有能力的子弟，亡故的軍官可由其子孫照章承襲；少數民族地區部分土官允許世襲。不過，忽必烈對此進行了嚴格的限制，且由於人數相對較少，對於官場影響很小。
吏進就是從各部門的吏員中提拔能幹之人，充實官員之位，這是忽必烈時期選官的主要途徑。而吏員的選拔和考核也有具體的規定，很多是仿照漢制。
通常情況下，想要到官衙做吏員的人要先參加考試，如果他們五經中通一經，或懂得算術，或擅寫文章、語言犀利，就可中選。對中選吏員每年都要進行考核，「以性行純謹、儒吏兼通者為上，才識明敏、吏事熟閒者次之，月日雖多、才能無取者不許呈貢。」這也意味著雖然沒有科舉考試，但那些希望當官吏之人還是要認真學習儒家文化的，而且要注意自己的德行修養。
只有考核被評為「上」和「次上」才有被推舉到上一級為吏的可能。忽必烈規定，每年各級官員都要向上級推薦吏員，供朝廷任用。吏員從縣經州、府做到路吏，然後被選入廉訪司，再經御史台或行台書吏升為省部吏，之後就可以出任六品或正七品官了。
對於官員的考核時間，忽必烈規定都城衙門和行省軍官，三十個月為一考，一考長一等。外任官員三年一考，一考進一階，或二考升一等、三考升二等。考核的標準包括當地戶口是否增長、田地是否增加、打官司事是否減少、盜賊是否匿跡和賦稅均平者這五事。五件事都做到了，自然官職升一等，五件事只辦好了三件，算是中等官員，按照正常程序升遷。五件事都沒有做到，那就只能被降官或貶謫了。
無論內外官員，滿「一考」後必須由所在機構提供一份類似鑑定的「解由」，內容包括官員的祖宗三代、年齡籍貫、姓氏民族、出身、入仕資歷、有無過錯、政績如何、何人保舉等。
除此而外，1262年，忽必烈還下詔「置簿立式」，專門記載官員政績等情況，後發展為「行止簿」。 行止簿和解由成為決定官員能否升遷的主要依據。
監察官吏 嚴懲貪腐
在對官員選拔考核的同時，忽必烈還注重對他們的監察力度。中央設置的御史台（簡稱中台）就是掌管糾察百官善惡和政治得失的所在，並直接監察山東、河北、河南等省官員；地方上則有監察東南諸省的江南諸道行御史台（簡稱南台）以及監察西南西北諸省的雲南諸路行御史台（簡稱西台）。它們之下還設置若干道提刑按察司，後改稱「肅政廉訪司」。如此一來，從中央到地方形成了垂直監察系統，可以不被地方行政機構干擾，切實發揮監察作用。
對於在提刑按察司任職的官員，朝廷也有規定，「按察司官有聲跡不好者，御史台體察，雖未任滿，許行奏代。」所謂奏代就是撤職查辦，另派人員接替。如此約束按察司官員，使他們不敢濫用權力，彈劾糾察必須公正公平。
如此一來，從中央到地方形成了垂直監察系統，可以不被地方行政機構干擾，切實發揮監察作用。
為避免行賄受賄，朝廷規定：「今後省院六部諸衙門官吏，無故不得與求仕受命官員私同宴會，以通請謁。」而為了禁止地方官員魚肉百姓，亦規定不得讓家人仗勢經商牟利，不得放高利貸，同時「雖有政績，不許立碑。其先已建立者，若犯贓污，即令除毀。違者究治」。
對於官員玩忽職守、辦事不力的，亦「依理究治」。此外，忽必烈還鼓勵彈劾違法官員，「其有不顧權勢，彈劾非違及利國便民者，別議升除」。也就是說， 只要彈劾屬實，提出彈劾者的官職可獲得升遷，這對於那些意圖貪腐的官員算是一種制約。
善於納諫
忽必烈時常以歷史上的明君作為自己的榜樣，他欽佩的唐太宗就是一位善於納諫的千古帝王，而從忽必烈無論在藩邸還是在即汗位、一統天下後的所為看，他同樣是位廣開言路、接受大臣諫議的明君。
1268年，忽必烈正式設置御史台，任命塔察兒為御史大夫、張雄飛為侍御史。作為中央最高監察機關，御史也具有向皇帝諫言、糾正缺失的職責。忽必烈專門對塔察兒和張雄飛說：「卿等既為台官，職在直言，朕為汝君，苟所行未善，亦當極諫，況百官乎！汝宜知朕意。」
忽必烈曾多次與大臣們討論對歷史人物的看法，比如被唐太宗視為「鏡子」的魏徵。1277年的一天，大臣王思廉在給忽必烈講解《資治通鑑》時，說了魏徵犯顏直諫、長孫皇后從旁勸諫的故事。忽必烈聽後，讓王思廉將這個故事講給大臣以及後宮的皇后和嬪妃們，希望他們以魏徵和長孫皇后為榜樣，敢於進諫，而自己也要效仿唐太宗，虛心納諫。
為了讓大臣們敢於進諫，忽必烈有時也給予直言者以獎勵，比如，姚天福在朝廷上彈劾權臣，忽必烈特賜名「巴兒思」，認為他不畏強勢，猶如老虎。
受儒家文化影響的忽必烈意識到了「禮」的重要性，因此任用撒蠻負責監督宮廷人員的禮儀。一天，忽必烈近臣孛羅受命出宮辦事，因行走違背禮儀被撒蠻關了起來懲戒。忽必烈等了很長時間，不見孛羅回來，一問才知是被關了起來。他就找來撒蠻，讓他放出孛羅。撒蠻回道：「令自陛下出，陛下乃自違之，何以責臣下乎？」忽必烈於是不再過問，孛羅受到懲罰後才被放回。
南宋被滅後，忽必烈想把江南宋朝宗室及豪族大族遷到北方，大臣葉李對此諫言道：「宋已歸命，其民安於田裡。今無故聞徙，必將疑懼，萬一有奸人乘釁而起，非國之利也。」忽必烈遂打消了移民的念頭。
忽必烈曾說：「朕於廷臣有戇直忠言，未嘗不悅而受之；違忤者，亦未嘗加罪。蓋欲養忠直而退諛佞也。」忽必烈的態度也使忠直之臣敢於進言。
大臣王思廉在給忽必烈講解《資治通鑑》時，說了魏徵犯顏直諫、長孫皇后從旁勸諫的故事。
崇尚節儉
忽必烈重視理財的目的是為了國富民強，而在個人生活上，他崇尚節儉，提倡淳樸之風。大臣王惲曾在奏疏中說，忽必烈「臨御以來，躬行儉素，思復淳風……去金飾而朴鞍履」。
忽必烈從不穿戴貴重華麗衣帽，他還將自己穿過的衣服儲藏在箱子中，以教育後世子孫保持勤儉之風。史載，元朝第三個皇帝武宗曾與皇太后在大安閣設宴，看到閣中有故篋（註：舊箱子），便問宦官李邦寧這是做什麼用的。李邦寧回說是世祖儲藏裘帶的箱子：「臣聞有聖訓曰：『藏此以遺子孫，使見吾朴儉，可為華侈之戒。』」武宗於是下令打開箱子，並慨嘆說：「非卿言，朕安知之。」
當時有位宗王在旁，馬上說：「世祖雖神聖，然嗇於財。」李邦寧卻不同意，反駁道：「世祖一言，無不為後世法；一予奪，無不當功罪。且天下所入雖富，苟用不節，必致匱乏。自先朝以來，歲賦已不足用，又數會宗藩，資費無算，旦暮不給，必將橫斂掊怨，豈美事耶。」武宗和太后深以為然。
不僅律己甚嚴，忽必烈也常勸戒後宮后妃不要揮霍，而與忽必烈感情深厚的察必皇后也生性仁明、勤儉自律。她親率宮人用舊弓弦編織為衣，取羊臑皮縫為地毯，還在傳統的帽子上加了前檐以遮陽。
此外，忽必烈還在宮中移種了漠北草原特有的青草，並將其栽在皇宮前的石階梯下，還用欄杆將其圍起，起名為「思儉草」，以提醒後人要節儉，「思太祖創業艱難」。
《元史》中還記載，忽必烈下令宮中使用的蠟燭不需要彩繪，使用的馬鞍、靴子和箭簇等也不得以黃金為飾。1292年，回回人忽不木想要將大顆的珠子賣給忽必烈，忽必烈以其無用為由拒絕了。
慎刑罰 濟貧困 惠澤百姓
忽必烈為人寬厚，加上受儒家仁恕思想影響，不僅在戰爭中不嗜殺，而且制定的國策多以民為本，如禁止諸王、后妃、公主、駙馬擅取官物；「禁以俘掠婦女為娼」，凡是買賣良家婦人的，賣買者以兩罪罰之。在王朝治理時他慎用刑罰，還採取賑濟貧苦百姓、設惠民藥局、道旁植樹、禁賭等諸多惠民政策。
重人命 推慎刑政策
1271年，忽必烈在將國號「大蒙古國」改為「大元」的同一天下詔，禁行金朝《泰和律》，但元朝彼時還沒有自己的律法。1291年（至元二十八年），忽必烈令中書參知政事何榮祖根據元朝政府之前頒布的所有法律條文，選擇符合天下統一後國家的實際情況的一部分法律條文，「以公規、治民、御盜、理財等十事輯為一書，編成《至元新格》，頒行天下，用於決斷訴訟。
這是元朝最早實施的一部法典。《元史‧刑法志》說它「大致取一時所行事例，編為條格而已，不比附舊律也」。在其使用32年後，才被《大元通制》取代。
而在這部新的律書成書前，忽必烈在刑罰上沿用了中原王朝的笞、杖、徒、流、死五刑制度，但同時又對笞、杖二刑作了修訂，即「曰天饒他一下，地饒他一下，我饒他一下，自是合笞五十，止笞四十七；合杖一百十，只杖一百七」。也就是說，從笞刑十下到杖刑一百一十下，均被減少了三下。
對於死刑，忽必烈非常慎重。他告訴史天澤等大臣：「朕或怒，有罪者使汝殺，汝勿殺，必遲回一二日乃覆奏。」他還對降元南人將領管如德說：「朕治天下，重人命，凡有罪者必令面對再四，果實也而後罪之，非如宋權奸擅權，書片紙數字即殺人也。汝但一心奉職，毋懼忌嫉之口。」
在解決涉及中高級官員的訴訟時，忽必烈多次運用「廷對」、「廷辯」方式，即多次召集大臣與涉案官員辯論，待諸事弄清楚後，才處置他們。如鎮南帥唐兀台誣告河北河南道提刑按察司副使王忱案、王文統與李璮謀反案、伯顏被誣私藏南宋玉桃盞案以及阿合馬、桑哥貪腐案等，都是如此。
在確定罪責施加處罰時，忽必烈也儘量縮小範圍。如阿里不哥歸降後，其一千多擁護者也被抓捕，忽必烈最終也只處死了為首的10人。還有李璮叛亂被平息後，忽必烈只殺了李璮的幕僚王文統，而沒有處理一些私下與他們有聯繫的漢人，沒有將事態擴大。此外，在南台御史上書請求他禪位給太子真金之事上，忽必烈也未深究。
對於處罰犯了罪的百姓，忽必烈同樣十分謹慎，尤其在死刑的判決上。1272年，陝西行省官員也速迭上書稱「比因饑饉，盜賊茲橫，若不顯戮一二，無以示懲」。忽必烈在聽取中書省的意見後，沒有批准。
這一年春，忽必烈得知監獄中關押的囚犯越來越多，就詔令各地將死刑犯以外的犯人都暫時放回家中，等到秋天再收監。秋天所有被放回家的犯人都如期歸來，忽必烈心生憐憫，大赦天下。
1274年，全國上奏朝廷擬處死的死囚50人，忽必烈讓中書省從中挑出因鬥毆殺人的13例，改為免死從軍。
史載，忽必烈在位期間，有四個年份沒有死刑記錄。死刑人數最高的年份是1283年，共278人被處死，最低的是1263年，僅有7人，三十幾年間只有不到2500名罪犯被處死，遠遠低於現代許多國家。這足見忽必烈在人命問題上是何等謹慎。
此外，在元軍進攻南宋時，大臣姚樞上奏說南宋盛行「鞭背文面」，忽必烈遂下令「鞭背鯨面及諸濫刑，宜急除之」，後來又將禁止鞭背、禁止跪甕芒碎瓦等法外酷刑列入了元朝的刑律。較之南宋刑罰，元朝趨於減輕。1291年，《至元新格》中特別強調，官員必須「首先要理智地分析和推斷案情，而不應該濫施酷刑」。上述禁令無不體現了忽必烈的寬仁之心。
南宋滅亡後，江南一些道觀還藏有宋朝皇帝的畫像，忽必烈聽說後最初以為江南百姓還有造反之心，便就此詢問身邊的大臣石天麟。石天麟說：「遼國滅亡後，遼國皇帝皇后的銅像，至今還在西京保存，從未聽說過有什麼禁令。」忽必烈一點即通，從此不再過問此事。
還有一次，有個牧人盜割駝峰，忽必烈下令將其處死。鐵哥進言道：「生割駝峰，實為殘忍，但因此處死牧人，恐怕傷了陛下仁恕之心。」忽必烈接受了鐵哥的進言，用相對比較輕的刑罰處置了牧人。
那麼，如果下屬執法如山，與忽必烈輕刑慎刑想法有出入時怎麼辦？一次，刑部侍郎趙炳處理一樁官員攜妓登龍舟的案件，趙炳依法懲處了官員，但不久該人死亡，其子到忽必烈駕前告御狀。忽必烈於是降旨責備趙炳，趙炳卻認為自己沒有做錯，說「臣執法尊君，職當為也」。忽必烈當時很生氣，就將他趕出了皇宮，但事後並沒有處置他，而是對身邊的侍臣說：「炳用法太峻，然非循情者。」這說明忽必烈對於臣下的秉公執法還是十分認同的。
類似的例子還有不少。應該說，忽必烈慎用刑罰，除了深受儒家寬仁思想影響外，在一定程度上也受到了他所皈依的藏傳佛教的影響。他曾說：「天下事如圓枘方鑿，能少寬之，無往不可。」而對忽必烈影響很大的國師八思巴等喇嘛也曾勸他「每歲必因好事奏釋輕重囚徒，以為福利」。
秋天所有被放回家的犯人都如期歸來，忽必烈心生憐憫，大赦天下。
救濟貧困災民 設義倉
中國歷代王朝，賑濟貧困尤其是救助災民都是必不可少的，忽必烈在位期間在這方面也做得非常出色。
元史中說「救荒之政，莫大於賑恤」，忽必烈乃至整個元朝的賑恤主要在兩個方面，一是免除差稅，二是給以米粟。免除差稅「有以恩免者，有以災免者」，賑貸「有以鰥寡孤獨而賑者，有以水旱疫癘而賑者，有以京師人物繁湊而每歲賑糶者」。
由皇帝下令免除差稅的「恩免」，從1260年中統元年量減絲料、包銀數起，幾乎每年都有。如中統二年，免西京、北京、燕京賦稅徭役，減少真定、大名、河南、陝西、東平、益都、平陽等路的賦役。中統三年免北京等路絲料、包銀……
除此而外，各地若遇蠻寇攻掠、秋旱霜災、蠶災、蝗災、水旱災、地震等災難，賦稅徭役、絲料、包銀、稅糧等也都會被相應地減免。針對災民，官府發放錢糧幣帛等予以賑濟，如1266年以糧食三萬石賑濟濟南饑民，以課銀150錠賑濟甘州貧民。
而對於鰥寡孤獨廢疾以及孤兒等，1260年忽必烈剛即汗位，就昭告天下，「鰥寡孤獨廢疾不能自存之人，天民之無告者也，命所在官司，以糧贍之。」
1264年，忽必烈又下詔「病者給藥，貧者給糧」。
1269年，設常平倉和義倉。常平倉起於漢代的耿壽昌，義倉起於唐代的戴胄，都是救荒之良法。常平倉之法是豐年米價便宜，官府就增價購買；荒年米貴，官府就減價出售。義倉，每社置一倉，社長掌管，豐年每丁納粟五斗，驅丁納粟二斗，災年就提供給社眾。如1284年新城縣水災和1292年饑荒，都是使用義倉儲糧賑濟的。
元朝時遊歷中國的意大利旅行家馬可‧波羅在其行記中也記述道：當大可汗看見五穀豐收和價格低時，他便命人收集和儲藏。在各省都有專門儲藏糧食的糧倉。他叫人很細心地看管，避免在三四年內腐爛。受災百姓，則免除當年的賦稅，並由朝廷給予糧食和種子，「這是大汗的德政」。
1271年，令各路設濟眾院收留貧苦之人，除提供糧食外，還提供柴火。1282年，濟眾院改名養濟院一所。兩年後，官府給京師南城孤老提供衣糧房舍。此後還推行給寡婦冬夏衣、給貧窮人家每日五斤柴薪等福利措施。
馬可‧波羅對此同樣看在眼中，他看到忽必烈給窮苦人家提供糧食和衣物讓他們維持生計，看到他們登記後住在養濟院中。負責的官吏沒有一天不施捨出三萬多碟的米或稷或粟。
史籍中羅列著長長的每年免除的徭役賦稅以及對災民的賑濟的單子，忽必烈的這些舉措「使飢不損民，豐不傷農，粟直不低昂，民無菜色」，《元史》中感歎說，「可謂善法漢、唐者矣。」
常平倉之法是豐年米價便宜，官府就增價購買；荒年米貴，官府就減價出售。
惠民藥局施惠百姓
讓貧困和受災百姓維持溫飽，那麼他們生病了又該怎麼辦呢？元朝設惠民藥局解決這一問題。早在窩闊台時期，就在燕京等十路設惠民藥局，以奉御（註：官名）田闊闊及太醫王璧、齊楫等為藥局官員，負責運作，朝廷提供五百錠銀為運作之本。
惠民藥局源自於北宋的熟藥所與和劑局，它主要面向普通民眾，朝廷對其實行補貼政策，使其出售的藥物遠遠低於市場價格。除了賣藥外，惠民藥局配有醫官兼給患者治病，是元時最主要的慈善醫療機構。
到了忽必烈時期，1261年，忽必烈命王祐在成都路開辦惠民藥局，又派他到西川等路為藥局尋訪醫學人才。後來，又在上都設惠民藥局。成宗時，下詔在全國普遍設置惠民局。
經費來源上，忽必烈時改變了宋朝的經營方式。經營者先向政府領取一筆資金作為本錢，是中統鈔一百兩，由經營獲取利潤，再用這些錢幫助需要的民眾。政府則不再經營藥物的販賣，給予民間更多的從事相關行業的機會。
道旁植樹和禁止賭博
忽必烈即汗位時曾詔告天下：「國以民為本，民以食為天，衣食以農桑為本。」因此，他在1270年頒布了《農桑之制》，規定每個男丁每歲種桑、棗20株，如土性不宜，可改種榆、柳，均以種活長成為數，並由各級官吏督促實施。
1272年，忽必烈又下旨命令從大都到各地隨路州縣官府和民眾在城郭周圍、道旁種植榆樹、槐樹，還規定官府所種植的樹木歸民家使用，官府負有保護成材的責任。史載，河南府及所轄各縣在道路旁植樹造林，凡「非理砍伐」路旁樹木者，由「各路達魯花赤管民官依條治罪」。道路旁植樹制度就這樣沿襲下來了。
馬可‧波羅的記錄也證實了忽必烈時期的植樹情況：大可汗命在大道兩旁栽植樹木，每株相距有兩三步遠。道路是欽差、商人和人民所通行的。這些樹木都很高大，可以從很遠的地方看得見。大可汗這樣做，使人們能夠看清道路，不致於迷途，頗有利於行人。即便在沙漠路旁邊，也能找到這些樹，這使得商人和遠行者很舒服。這大概也是因為馬可‧波羅從中受益了吧。
除了植樹惠民，忽必烈也意識到了隨著經濟的發展、民眾生活的改善，賭博者增多，而賭博也帶來了巨大的危害，因此在1286年二月頒布聖旨：「禁約諸人不得賭撲錢物……如有違犯之人，許諸人捉拿到官，將犯人流去迤北田地裡種田者。」後來，浙江道按察司審理平江路常熟縣姚千六賭博案、淮西江北道按察司審理黃梅縣王佯兒賭博案等，均遵照這道聖旨行事。
上述輕刑罰、賑濟、設惠民藥局等惠民政策，對於元代的社會穩定和發展、對於民心的安定有著重要的作用。
另據馬可‧波羅記載，忽必烈相信占星術，大都中善於觀天象和占卜的人大約有五千，漢人、基督教教士都有。史書上所載的日蝕、月蝕、彗星、地震等，都被忽必烈視為來自上天的警告，使其警惕。顯然，身為帝王的忽必烈，深知「水能載舟亦能覆舟」的道理，因此愛民、惠民、聆聽上天的警告是一個明君所要做的。
平諸王叛亂 加強邊疆治理
至元六年（1268年），被分封到蒙古以西海牙裡（今哈薩克斯坦塔爾迪‧庫爾干爾）的成吉思汗第三子窩闊台之孫海都率領部眾發動叛亂。
海都與成吉思汗次子察合台的後裔欽察汗國可汗在塔拉斯河會盟，公開反對忽必烈和伊兒汗國（蒙古四大汗國之一，由成吉思汗幼子拖雷的後人統治），並商議以海都為盟主。參與會盟的蒙古諸王稱忽必烈已經被漢族同化，聲稱要對忽必烈用兵以恢復蒙古人的遊牧本性。
平諸王叛亂
之後以海都為首的諸王時常侵擾西北地區，忽必烈徵調正在攻宋的伯顏北上平叛，因海都採用游動作戰的方式，所以雖然伯顏軍始終占上風，但也沒能徹底將海都打敗。
至元七年（1269年），忽必烈以那木罕為將，在別失八里擊敗海都。至元十二年（1274年），忽必烈再遣安童輔佐那木罕西征。未料，那木罕部將昔裡吉等於次年底發動兵變，將安童抓獲後交予海都。不久後，海都會同察合台汗國君王揮師東進蒙古本部，最終被驍勇善戰的元朝將領土土哈趕出漠北大帳。
至元二十四年（1286年），海都以偏師襲阿勒台山地區，自率主力在馬納思河（今瑪納斯河）與元軍交戰，元軍戰敗，後殺到哈密。畏兀兒亦都護火赤哈兒這時屯駐於哈密，戰死。海都不久退回。元軍重戍於畏兀兒之地，斡端也再度回到元朝控制下。
與此同時，海都又鼓動東部諸王後裔乃顏、勢都兒、哈丹等人發動叛亂，他們還一度發兵占領和林，但不久即退出。忽必烈聞訊後，派兩路大軍前往，消滅了叛亂勢力。平叛後，忽必烈設置了遼陽行省，並在叛王封地內置萬戶府，用以削弱藩王的權力。
然而，海都仍未放棄在西北的騷擾。1288年，西線海都軍東進打敗嶺北的元軍。1289年，海都再次進攻和林，74歲的忽必烈親自率兵北上，海都不敵，率領部眾遠逃。
1292年，時任嶺北樞密院使、欽差親軍衛都指揮使的土土哈在阿爾泰山一帶大敗海都，次年，收復唐努山以北烏斯等五部之地，並在此屯兵駐守，這給了海都很大打擊。忽必烈還先後派遣伯顏、玉昔帖木兒等人主持西北軍事，海都勢力遂被逐出至阿爾泰山之北。
1301年，元成宗時，海都糾合四十諸王再度進兵元朝，最後在和林被元軍擊敗，海都因傷重不治而亡，其子察八兒繼汗位。1306年，察八兒投降，西北諸王的叛亂至此才全被平定。
在平叛西北東北諸王叛亂的同時，忽必烈也加強了對邊疆的管理。
對西北邊疆的管理
元朝的西北邊疆，主要指今天的新疆地區，居民主要是畏兀兒人。公元9世紀回鶻人以高昌（今吐魯番）為中心建立了高昌回鶻王國。12世紀，高昌回鶻王國附屬於西遼，受西遼所派「少監」控制，向西遼繳納大量貢賦。13世紀，草原上崛起的成吉思汗威名遠播天山南北，高昌回鶻王國的亦都護（國王的世襲尊號）聽說後，決定擺脫西遼少監的暴虐監治，投靠寬宏有度量的成吉思汗。
1209年，他殺死西遼少監，遣使臣覲見成吉思汗表示歸順。1211年春，他又親自去覲見成吉思汗，求娶成吉思汗之女。成吉思汗因其主動歸附，便把女兒嫁給了他。自此，亦都護王族與成吉思汗皇族也形成了世代聯姻關係。
與其它被征服國有所不同的是，高昌回鶻一方面是蒙古大汗的藩臣，必須履行納質、進貢、出兵從征等藩臣義務，但另一方面，亦都護對自己的領地和屬民有一定的自主權。此外，由於畏兀兒位居東西方交往的通道，對蒙元時代東西方經濟、文化、科技的交流也起到重要作用。
在高昌回鶻歸附後，其西部的天山南北及中亞地區，仍是西遼的勢力。對此，成吉思汗又派大軍進入西遼境內，並在1218年滅掉西遼。西遼歸屬於成吉思汗後，大蒙古國就與花剌子模王國的邊界接壤，更方便了雙方的交往。成吉思汗去世後，新疆西部地區分別成為察合台汗國和窩闊台汗國的領地。
忽必烈時期，窩闊台汗國海都支持阿里不哥爭奪大汗位，在忽必烈戰勝阿里不哥後，海都實際控制了新疆西部大部分地區，並聯合察合台後裔一再向忽必烈挑釁。
除了派皇子那木罕率親王七人及數千兵馬駐紮在阿力麻裡威懾海都等外，忽必烈還將北庭（今吉木薩爾）地區視為西北軍事重鎮、戰略要地，在此先後設別失八里行尚書省、北庭都護府、別失八里宣慰司、別失八里元帥府、西域衛親軍都指揮使司、北庭元帥府等機構。這對於防禦海都、穩定西域局勢、發展經濟起到了重要作用。
為發展當地經濟，忽必烈還在新疆地區大力推行屯田，鼓勵百姓墾荒，設冶煉場、鑄造農具；同時減免賦稅，賑濟饑民，給缺少耕牛、籽種的農民分配耕牛、籽種；此外，還興辦紡織、布染等。1266年，忽必烈下令設置了忽丹八里局，促進和田絲綢的生產。「和田綢」在當時和後來的朝代都很有名。1286年，又在別失八里設別失八里局，負責當地絲綢紡織品生產，包括皇室御用的「納失失」錦緞。
忽必烈還在新疆地區大力推行屯田，鼓勵百姓墾荒，給缺少耕牛、籽種的農民分配耕牛、籽種。
為加強新疆與內地以及中亞地區、南北疆之間的聯繫，忽必烈還設立數量眾多的驛站。如1274年在和田、鴉兒看（今莎車）兩地設水驛13處；1281年，從外高加索山太和嶺至別失八里修建30個驛站；1282年，在新疆東部羅卜（今若羌）、赭裡輝（今且末）設驛站。這些驛站的建立不僅加強了多方的聯繫，也便於軍事情報的傳遞。
當時元朝推行的鈔法也在新疆各地實行，1280年。忽必烈下令設置立畏兀境內交鈔提舉司、交鈔庫，管理新疆地區元鈔的印製、發行和兌換等事宜。設置提刑按察司，處理司法訴訟；設哈贊忽咱、哈刺火州總管府等，以加強戶籍賦稅的管理。
對西藏的管理
西藏，元時仍稱為「吐蕃」。在第九章談及忽必烈確立國教時，已經部分涉及了元廷對吐蕃的管理。根據史料的記載，蒙古與西藏正式確立關係，是在窩闊台次子闊端駐紮在涼州（今甘肅武威）時。1239年，闊端派人攻打吐蕃。吐蕃人知曉無法抵擋蒙古鐵騎，於是當時在吐蕃具有重大影響的薩迦派領袖薩迦班智達代表吐蕃人去與蒙古人談判。
經過協商，雙方達成協議，吐蕃歸附於蒙古，由蒙古汗國委派薩迦派領袖主持吐蕃事務，並將民戶、貢賦登記成冊，交給闊端。蒙古則不再派兵進攻。
蒙哥汗即位後，派官員入藏清查戶口，劃定地界，薩迦派新的領袖八思巴亦派人協助。彼時總領漠南漢地事務的忽必烈亦在攻打大理途經臨洮時與八思巴相談甚歡，八思巴還為忽必烈和察必王妃舉行了密宗喜金剛灌頂儀式。從此，八思巴跟隨在忽必烈左右。
忽必烈1260年即汗位後，八思巴被封為國師，受玉印，統領全國佛教事務，並受命創建新的蒙古文字。
1263年，八思巴返回吐蕃，行前受命統領吐蕃，受賜珠寶冊印。第二年，在總制院成立後，兼任總制院使，總管藏區事務。當然，對於吐蕃其它教派和地方勢力，忽必烈並未忽視。忽必烈根據吐蕃的物產分布情況，重新劃分了行政區域，設立了13個萬戶，各萬戶兼管軍事民政，他們也都屬於八思巴管轄。1270年，忽必烈又封其為帝師。
此外，從蒙哥汗到忽必烈先後在藏區設立了三個宣慰使司都元帥府，轄區包括今西藏除昌都地區以外的大部分地區。他們主要負責對藏區的軍事管理、推薦官員、管理驛站和佛事活動等。
除了封八思巴為國師、帝師以示推崇外，忽必烈對於吐蕃僧人也十分優待，不僅給他們賜官封號，還允許他們不服兵役、勞役和繳納賦稅。
考慮到青藏高原交通不便，對管理、軍事及商旅往來都很不方便，忽必烈決定建設通往西藏的驛站。在八思巴的支持下，忽必烈修建了一條從青海通往薩迦地區的道路，沿途一共建有27個大驛站，保障了交通，也加強了西藏與內地政治、經濟、軍事和文化上的聯繫。
除了封八思巴為國師、帝師以示推崇外，忽必烈對於吐蕃僧人也十分優待，不僅給他們賜官封號，還允許他們不服兵役、勞役和繳納賦稅。
對雲南和蒙古的管理
雲南是忽必烈親自打下來的，被擒的大理國王段興智被蒙哥汗任命為大理總管，子孫世襲，並賜名「摩訶羅嵯」。與此同時，蒙哥汗加封與忽必烈一起攻打雲南的蒙古大將兀良合台為大元帥，「還鎮大理」。
忽必烈即汗位後，在雲南設立多個驛站，有的甚至可以抵達緬甸，並經緬甸到達印度。1267年，忽必烈任命皇子忽哥赤為雲南王，出鎮雲南，兼管轄大理、善闡等蠻夷部落，並為其設立大理等處行省六部，以闊闊帶為尚書行省之下，設置了路、府、州、縣，又設置若干軍民總管府。在前往雲南前，忽必烈叮囑忽哥赤要「善撫吏民」。
1271年忽哥赤卒。忽必烈派宗王脫忽魯鎮守雲南，於1274年又派自己所賞識的賽典赤贍思丁主持雲南政事。
才智品德都令人讚歎的賽典赤贍思丁與脫忽魯合作，其在任六年，不負忽必烈所託，鼓勵發展農業和桑蠶業，其所為對雲南的社會安定和經濟發展都發揮了重要作用。雲南和內地的聯繫更加密切。
此後，至1382年駐守雲南的元朝梁王把匝剌瓦爾密兵敗自殺、大理總管段世戰敗歸降明軍，蒙古人建立的政權統治雲南地區長達128年。
再來看蒙古地區。忽必烈即大汗位後，統治中心逐漸轉移到中原地區，先升開平為上都，後定都燕京，改名為中都，而之前蒙古的都城和林的政治地位下降。忽必烈在和林先後設置轉運司、宣慰司都元帥府，使蒙古地區在政治上處於一般邊界地位。
阿里不哥臣服後，忽必烈派漢人劉好禮出任拖雷封地益蘭州、吉利吉斯（今葉尼塞河上游地區）等五部斷事官，還派大量工匠前往，幫助當地居民興建城郭、官署，發展農業、手工業，同時設置驛站。當地的發展對於忽必烈遏制海都等人的叛亂起到了一定的作用。
昔裡吉叛亂後，占據了該地。忽必烈派伯顏平息叛亂後，任命太子真金之子梁王甘麻剌坐鎮和林，協調蒙古地區的軍隊。1289年，忽必烈正式在和林設行樞密院，伯顏任行樞密院院事。幾年後，被改封為晉王的甘麻剌代替伯顏，坐鎮和林。忽必烈讓其「統領太祖四大斡耳朵及軍馬、達達國土」，並允許其設立王府，設置王傅、內史等官，這也是忽必烈時期在蒙古地區設立的最完備、權力最大的宗王官署。
完善站赤制 設急遞鋪
元朝地域遼闊，但卻能保持全國政治、軍事、經濟和交通信息的順暢，而這依賴於「站赤制度」。蒙古人的站赤制度就是驛站。驛站由來已久，由官府設置，主要功能是「通達邊情，布宣號令」，蒙古時期加以擴大，並在忽必烈時期得以完善。每一驛站都有一座府邸，供使臣往來居住。每一驛站還備有不少馬匹，有的多達四百匹。據記載，忽必烈時期全國站赤共有1400處，這個數字還不包括邊遠地區和四大汗國間的驛站。
作為驛站的補充，忽必烈時還設置了傳遞緊急文書的機構，名為「急遞鋪」，每十里或十五里、二十五里設一鋪，每鋪置鋪丁五人。鋪丁一晝夜要行四百里，輾轉傳遞軍政機要文書。是以，百日路程的文書消息，十個晝夜就可以送到朝廷。對於文書交接，也有著嚴格的規定。如果出現問題，主管官員和鋪丁都要受到懲罰。
元代的驛傳制度對當時的波斯、俄羅斯、埃及和中亞、西亞諸國都產生了影響，在俄羅斯竟沿用了數百年之久。
簡言之，忽必烈對於龐大帝國的邊疆地區，一方面在政治上根據當地情況採取不同措施進行管理，另一方面則重視經濟發展，鼓勵屯田，發展農業，同時改善交通，設置驛站，加強了邊疆與內地的聯繫，宋、遼、西夏、金時期各少數民族偏守一隅的情況逐漸有了變化，這使得忽必烈的大一統在相當長一段時間內十分穩定。
