西宁镇由标(总兵直辖的兵力)、协(副将所统之兵)、营(参将、游击、都司、守备所辖称营)、汛(以千总、把总为汛官)构成，兵种有马兵、步兵、守兵，各兵种在营地的比例因时因地而异。
康熙四年(1665)，青海蒙古入边内的甘、肃、庄浪等地游牧。为了防止其进入河西，清朝设置永固营(今甘肃民乐县东南，扁都口北)，联筑八寨。并在甘州、肃州至西宁一带增加驻防军队，以资戒备。同年冬，青海蒙古让卜台吉之兄怀阿尔赖弟兄三人各率所部入据甘凉交界处的大草滩，与清朝驻防军队对峙一月，后清军突发大炮，其才奔溃而去。康熙六年(1667)，青海和硕特蒙古左翼首领“墨尔根等部落恋牧内地，”策划于八月发兵，分入西宁、河州、临洮、凉州等地。甘肃提督张勇自扁都口、西水关至嘉峪关筑边墙设防，山陕总督卢崇峻率满汉官兵亲赴庄浪防守。1673年，吴三桂自云南起兵叛清，西北王辅成起兵响应吴三桂，西北局势大乱，土寇、羌、番纷起。和硕特蒙古右翼各部竟然在达尔加济农率领下，围攻河州达一月之久;而左翼蒙古乘河西清军大量内调之机，进犯青海“红崖堡(今互助县)，折毁关隘、袭执官吏，与官兵会战。”清廷命令甘肃总兵官孙思克屯兵凉州，加强防守。同时，清朝及时加强了西宁地区的军事力量，西宁镇总兵统辖镇标、协路各营马、步、战、守兵共计12425名。镇标五营，即中、左、右、前、后五营，有马步兵共4500名，其中马战兵2400名，步战兵2100名。协路29营(即镇海营、西宁城守营、哈喇库图尔营、察罕俄博营、察罕托洛亥营、巴燕戎格营、喇课营、巴暖营、甘都堂营、扎什巴营、癿思观营、贵德营、大通营、白塔营、康家寨营、西大通营、丹噶尔营、碾伯营、老鸦营、冰沟营、威远营、北川营、起台堡营、永安营、南川营、亦杂石营、千户庄营、循化营、保安营等)，有马步兵7925名，其中马战兵2258名，步战兵1531名，守兵4136名。目的是防御青海蒙古对河湟地区的骚扰，确保该地的社会稳定。
雄踞新疆的准噶尔部噶尔丹崛起，并将侵略的目光转向青海。青海与西藏唇齿相依，据有青海，就可以更便利地进军西藏。西藏既是蒙藏民族心目中的圣地，亦是格鲁派领袖达赖、班禅的驻锡地，加之噶尔丹曾一度出家在西藏学经，与格鲁派上层人物关系密切。噶尔丹想借助于达赖喇嘛的宗教威望，左右蒙藏社会的政局。康熙十九年(1680)，噶尔丹尽占南疆之地后，其辖地与青海直接接壤，他便筹足驼马粮草向青海进发，噶尔丹在给甘肃提督张勇的信中说:“西北一带地方皆据之矣，惟西海，向系我祖与伊祖同夺取者，今伊等独据之，欲往索取。”清政府为了防御噶尔丹，在甘青边界派甘肃提督张勇亲率重兵驻扎。迫使噶尔丹中途罢兵。但他并没有放弃觊觎青海的念头，希望有朝一日据有这块肥沃之地。出于这样的目的，他娶了青海蒙古固始汗的一个孙女为妻，并把女儿嫁给了固始汗的一个孙子。企图通过联姻达到控制青海的目的。时任甘肃提督的张勇向清廷上疏曰:“噶尔丹虽有与默得理蒙古结姻之信，但世为仇雠，恐争西海之地。”为防御噶尔丹进攻青海蒙古，清政府加强对青海北门户甘州、凉州一带的军事力量。调派军队在甘青交界的黄城尔驻扎，修复黄城尔……西宁镇汛之西石峡、镇海、西川一带，其南山直抵河州，北山直抵庄浪，……边墙。噶尔丹见清朝在此布防严密，无机可乘，遂把侵略矛头转向漠北蒙古各部。1690年8月，清军在乌兰布通大败噶尔丹，闻知噶尔丹于次年又有侵青之意，清朝随即在肃州设兵三千为备。1693年到1694年间派大军开赴西北，驻守西宁和西宁以北的大通一带，截断了噶尔丹由西北南下的道路。又下令在西宁镇添火器兵五百名。北川营逼近雪山，添马兵七十名，设游击一员，添千总、把总各一员。镇海堡步兵九十名，改为马兵。西大通地方设把总一员，应改为千总，添马兵二十名。西宁之老鸦堡等，各将本堡步兵十名，改为马兵。1696年，康熙帝于昭莫多又一次大败噶尔丹。为防备噶尔丹向青海逃窜，康熙帝命令副都统阿南达率巴图尔额尔克济农之兵，驻扎布隆吉尔(今甘肃疏勒河一带)等处堵御。次年，噶尔丹在“谋食无资，部众尽溃”的绝境中病死。
继噶尔丹之后，策妄阿拉布坦成为准噶尔部首领。策妄阿拉布坦是噶尔丹的侄子，康熙二十九年(1690)，他乘噶尔丹在乌兰布通被清军打败之机，偷袭噶尔丹在科布多的大本营，“尽收噶尔丹之妻子人民而去”。策妄阿拉布坦在清朝征讨噶尔丹时，积极效忠清朝，得到康熙皇帝的信任，在清朝的大力支持下，策妄阿拉布坦势力得到迅速发展。策妄阿拉布坦汲取噶尔丹攻打漠北蒙古惨遭失败的经验教训，将其侵略的目标转向青藏地区。而当时西藏社会蒙藏上层之间的争斗又为策妄阿拉布坦染指西藏提供了适宜的机会。1705年，拉藏汗打败和杀死了桑杰嘉措，重新夺回了和硕特蒙古汗王在西藏的权力;还以桑杰嘉措所立六世达赖仓央嘉措不守戒律，行为放荡为由，请求康熙帝下令将其废黜，另立伊西嘉措为六世达赖。拉藏汗的做法虽然得到了清朝政府的默认，但却遭到了拉萨三大寺僧侣及青海众台吉的反对，他们不承认其所立的伊西嘉措。而且拉萨三大寺的上层喇嘛依据仓央嘉措的谶歌，在理塘找到了一位名叫格桑嘉措的幼童作为仓央嘉措的转世灵童，青海和硕特蒙古众台吉与拉萨三大寺上层联名奏请康熙皇帝承认格桑嘉措为真达赖喇嘛的转世灵童。策妄阿拉布坦乘青藏地区蒙藏上层间的内讧，于1706年，派人去西藏迎请已被清朝政府废黜的仓央嘉措到准部讲经传教。康熙帝对策妄阿拉布坦的野心早有察觉，指出“朕意以众蒙古俱倾心皈向达赖喇嘛，此虽系假达赖喇嘛，而有达赖喇嘛之名，众蒙古皆服之。倘不以朝命遣人往擒，若为策妄阿拉布坦迎去，则西域、蒙古皆向策妄阿拉布坦矣。”抢在他之前派人将仓央嘉措押往北京，致使其阴谋破产。
康熙五十四年(1715)四月，策妄阿拉布坦遣兵侵略哈密，其目的是为进攻青海地区做准备。清朝对其图谋了如指掌，在同年就开始着手加强对青海及其周边地区的军事部署。首先，在西宁、嘉峪关两路各设驿站，派笔帖式坐台。又令侍卫阿齐图等暂驻西宁，料理西宁、青海等处事务。行文青海蒙古左翼各部首领加强防范准部的侵扰。其次，从西宁抽调五百名兵丁，派往柴达木西北部的噶斯口驻防。因为“噶斯地方，三面雪山，中有一线水草，皆系芦苇。其大路在得布特里地方，西南走藏，东南走青海、西宁、大通河，半月即到永固城，西北走柴旦木、吐鲁番等处，乃策妄阿拉布坦出入咽喉之路”。所以，清政府在噶斯要隘东北，地近当金山口的色尔腾(今海西州冷湖镇)、柴旦木(海西州大柴旦镇)设防，防备准部避开清军的哈密防线，由噶斯口进入柴达木，侵扰青海，或经色尔腾打通甘凉道。“令新满洲二等侍卫俄木巴里、厄鲁特一等侍卫达克巴臧布等，驻扎色尔腾、柴旦木等处形胜之地侦探。”同时又命令居住在色尔腾的贝子阿喇布珠尔带领属下兵丁五百名、居住在柴旦木的达颜台吉及其属下之台吉各率百名兵丁前往噶斯口(今海西州茫崖)等地，协同清军一起防守。又在柴达木南部的察罕乌苏、察罕托灰及噶顺等处设防驻兵，因为这三地是准部进入青海、西藏的必经之路，具有十分重要的战略地位。正如奉命来青的侍卫阿齐图在给朝廷的奏疏中所说的:“察罕乌苏地方，水草既好，地亦宽阔，宜于驻兵。若策妄阿拉布坦使人到青海，必由此路，若往西藏，必由察罕灰托之路。此两路设兵防守，则噶斯口以内，更无可行之路。再过噶斯口，……有地名噶顺，可进色尔腾地方，此处亦当设兵防守。……今将兵分为四营，驻扎察罕乌苏，令护军参领钦第由等领兵驻扎噶顺，设汛防守。”
康熙五十五年(1716)十月，策妄阿拉布坦派其属下至青海马厂盗马，并劫持青海台吉罗卜藏丹济。清朝中央意识到策妄阿拉布坦表面上是盗马，其真正的意图是侦探清朝在噶斯地区的军事布防，当时清朝驻扎在噶斯地区的正规军队只有500名，加上阿喇布珠尔和达颜台吉所属的蒙古兵丁600名，总共1100名，而且还分散在各个不同的路口，根本无法抵挡准部大规模的进攻。于是，康熙皇帝赶紧调西安满洲兵及督标兵两千名，著护理西安将军印务总督额伦特带往西宁预备。令西宁总兵官王以谦，拨派西宁绿旗兵两千名预备。令固原提督潘育龙，在其属下的副将、参将等官员中选派熟练军事者数人遣往西宁，听尚书富宁安、侍卫阿齐图调遣。“如策妄阿拉布坦由噶斯口来犯，著西宁预备之兵，与青海左翼台吉会合，提督康泰带领四川之兵，与右翼台吉等会合，两路协守，策妄阿拉布坦断不敢来犯。”虽然清朝从西安调集了2000名兵力开赴西宁，但西宁距离噶斯各卡约两千余里，路途遥远。按当时的路况交通工具，即使日夜兼程，亦需二十余日方可抵达，为了有备无患，康熙皇帝下令将西安兵两千及西宁镇标兵一千名直接添派噶斯路驻扎。并一再强调噶斯地方甚属紧要，防守兵丁不可一日空缺。将噶斯路驻兵每年春、秋两班更换戌守改为一班。规定“自西宁赴汛兵丁，令五月起程，六月至察罕乌苏。其察罕乌苏回汛兵丁，于换班兵到后方可起程。”
由于清朝在哈密、巴尔库尔和青海地区派重兵把守，迫使策妄阿拉布坦放弃了先进攻青海，再侵略西藏的计划，直接将矛头转向了西藏。一方面，他利用自己和拉藏汗已有的亲戚关系，为了进一步消除拉藏汗对他的戒备，主动将自己的女儿博托洛克嫁给拉藏汗的长子丹衷，并以十万两银子的嫁妆为诱饵，要求丹衷赴准部完婚，分散拉藏汗的势力;另一方面，以自己是格鲁派的忠实支持者为幌子，暗中派人潜入西藏，与三大寺上层僧侣取得联系，向他们透露准部要推翻拉藏汗，废掉拉藏汗所立的伊西嘉措，将蒙藏各部公认的达赖喇嘛格桑嘉措护到布达拉宫坐床，这大大迎合了拉萨三大寺僧人对拉藏汗的不满心理。三大寺僧侣为了配合策妄阿拉布坦采取行动，秘密地派出一批年轻力壮的僧人到准噶尔部去，这些人后来在准噶尔军进攻西藏过程中充当向导并起了不小的作用。康熙五十五年底，策妄阿拉布坦派两路人马，一路由他的堂兄策零敦多布率领6000人的军队从南疆的和田出发，翻越荒无人烟的昆仑山到藏北阿里，对拉藏汗进行突然袭击;另一路大约300人的小分队进窥青海西部沙拉和噶斯，前往青海塔尔寺劫持噶桑嘉措。两军相约在那曲卡会师，将达赖喇嘛护送入藏坐床。策妄阿拉布坦认为:“一旦他们掌握了那个灵童，整个西藏就会欢喜若狂地迎接他们，征服西藏就会成为一场不流血的战争。”但是，由于清军与青海蒙古兵在柴达木地区的严密防守，策妄阿拉布坦劫持达赖喇嘛的阴谋未能得逞。虽然清政府一直密切关注着西藏的局势，已得知准军入藏的消息，但由于还没掌握其真实意图，认为策妄阿拉布坦“或征取拉藏，收取西边地方，或帮助拉藏侵犯青海，俱未可定”。因为拉藏汗随意废立达赖喇嘛一事，招致青海蒙古王公的不满，以察罕丹津等为首的部分青海蒙古首领曾扬言要对“拉藏汗采取直接行动”，而色卜腾札尔、阿喇布坦鄂木布等人与察罕丹津意见不和，察罕丹津曾声称要攻打色卜腾札尔等。为防止青海蒙古内部发生内讧或进攻西藏，清廷除派侍卫阿齐图前往调解之外，还调派西安满洲兵一千前往西宁。令西宁镇总兵官王以谦派标兵三千预备。“若察罕丹津果肆猖狂，即领兵征剿。”并命令距离察罕丹津较近的四川提督康泰、松潘总兵官程正李预备兵马。如若察罕丹津等擅自将噶桑嘉措送往西藏，“即从后追剿”。还命令署理西安将军事的总督额伦特速往西宁，料理军务粮饷。命令松潘、西宁兵丁，出口安营。加强了对青海蒙古的防范。同时又考虑到内地与西藏距离遥远，一旦西藏有事，始行调兵，恐或不及，不久派在荆州的满洲兵两千名，开往成都，派在太原的满洲兵五百名，开往西安。清朝在四川、西宁等处调集了十万兵力，命令内大臣公策旺诺尔布、将军额伦特、侍卫阿齐图等统领驻扎在青海、松潘险要之处，一旦准部侵藏，即刻就近调兵进剿。康熙五十七年初，清廷接到拉藏汗的求救信曰:“不意恶逆策妄阿拉布坦发兵六千……恳求皇上圣鉴，速发救兵，并青海之兵即来策应。”
清朝接到拉藏汗的求救信后，迅速派侍卫阿齐图率驻守在噶斯路的清兵一千先行入藏救援，紧接着又令距离西藏较近的青海蒙古王公、台吉派兵六千入藏。在柴达木地区仍留下一千兵丁驻守。清朝认为“噶斯地方，甚属紧要。”策妄阿拉布坦若乘此兵力不足，或侵青海，或由此增兵西藏，俱未可定。下令添拨李耀之兵五百名、都统阿尔纳呆至西宁满洲兵八百名，发往柴达木地方驻扎，给予鸟枪火器等。清朝第一次派往西藏的清军由于准备不充分，加之带兵将领之间不和，导致全军覆没。消息传到北京后，朝廷上下大为震动，一些大臣摄于前败，“皆言藏地险远，不宜进兵”。但康熙帝一针见血地指出:“西藏屏蔽青海、滇、蜀，苟准夷盗据，将边无宁日”。如果准噶尔蒙古占领西藏，掌握黄教势力，将会改变整个西北、西南地区的局势，清朝绝不容许出现这种局面。于是，康熙皇帝决定再次出兵征剿入藏的准噶尔军。康熙五十七年(1718)十二月，康熙帝任命允禵为抚远大将军，带兵前往西宁坐镇指挥，清军几十万大军，兵分三路行动:一路进抵乌鲁木齐，任务是牵制准噶尔部兵力，截断其派兵增援西藏的路线。进藏清军则分南北两路，南路由川陕总督年羹尧、满族将领噶尔弼等率领从四川巴塘、理塘一带西进;北路由延信统领从青海进藏，青海蒙古亲王罗卜藏丹津和察罕丹津等率青海蒙古军协同出征，这是清军入藏的主力。北路军队除肩负驱准的任务外，还担负护送被清朝正式册封为“弘法觉众第六世达赖喇嘛”的噶桑嘉措进藏坐床的重任。为了确保进军顺利和信息的畅达，清朝在北路进军沿线:“自阿什罕之站起，前至索落木，安十五站，每站各设马二十匹。自索落木之旁通柴旦木之路，安五站，应各设马十五匹。每站派固原之绿旗兵各十名，青海之兵亦各派设十名。……若调取青海之兵六百名，在军营左近驻扎，则于巡守并汛界之差遣等事，甚有裨益。是以行令青海首领，于伊等两翼，各派兵三百名。将兰州所剩护军一百二十九名、马兵八百七十一名，俱调赴西宁驻扎。”这一次大军进藏极为顺利，南路清军从甘孜出发，在未遇到准噶尔军抵抗的情况下于1720年8月23日进抵拉萨。北路清军在藏北当雄击溃了准噶尔军后，于9月也进入拉萨，在布达拉宫为噶桑嘉措举行了隆重的坐床仪式，入侵西藏的准噶尔军被彻底驱逐出去。清军的驱准行动得到了西藏各界的支持与拥护，清朝利用这一有利时机结束了和硕特蒙古对西藏的统治，将西藏直接纳入了清朝中央政府的控制之下，组建了噶伦政体。为了巩固边防，在西藏留驻三千满汉官兵，由策旺诺尔布统辖;在理塘、昌都等地驻军，遥相呼应;在西藏通往准噶尔之要隘各路严设卡伦，每年夏季藏军巡逻防范成为定规。撤回了驻扎在噶斯及得布特尔的军队及青海土兵。但为了防御准部侵扰青海，仍派兵二千驻扎于青海相近形胜之地，侦探防守，并在西宁镇标中增添火器兵1000名。派理藩院侍郎常绶驻扎西宁，管理西宁、柴达木等处军饷事务。
随着西藏局势的稳定，雍正元年(1723)，清朝撤回了驻扎在青海和西藏的大部分军队，仅在西宁留六千名绿旗兵驻扎，在昌都留下1000名绿旗兵驻扎。后来鉴于青海蒙古各部内争不息，为维护青海地区的稳定，同年派宗室西伦图，拣选西宁绿旗鸟枪兵五百名，并柴达木兵丁，带往察罕托罗海地方。并在布隆吉尔建城驻兵，以防御准噶尔入侵甘青边郡。
罗卜藏丹津是固始汗幼子达什巴图尔之子。达什巴图尔曾被康熙帝封为“和硕亲王”。后罗卜藏丹津袭亲王爵位，成为和硕特部首领。罗卜藏丹律曾随清军护送七世达赖入藏，并成为临时军政府的成员之一。拉藏汗被准军杀死后，罗卜藏丹津自认为自己是唯一可以继承和硕特汗王的人选。但清朝最终取消和硕特蒙古在西藏的统治权而改由让西藏贵族噶伦联合掌管西藏地方政权的行动，使罗卜藏丹津“希冀藏王”的美梦落空。清朝为削弱青海蒙古的势力，对协同清军入藏的青海诸台吉论功行赏时，罗卜藏丹津只得到加俸银200两、缎五匹的薄赏，而原为郡王的察罕丹津却晋升封为亲王并厚给赏赐，还让罗卜藏丹津与察罕丹津同领青海右翼，这无形中就降低了罗卜藏丹津在青海诸台吉中的地位。加之，1720年清朝将康区划归四川管理，使青海和硕特部自固始汗以来享有康区赋税供养的特权丧失殆尽。1722年底康熙去世，镇守西宁的皇十四子允禵回京奔丧，罗卜藏丹津乘清朝撤减西藏、噶斯、河西地区驻军，清朝在青海的防御力量减弱之机，举兵叛清。清政府派陕甘总督年羹尧、四川提督岳钟琪从布隆吉尔、西宁、松潘、甘州四路进剿。年羹尧征调川陕各路军兵19000名，作进击之用。命靖逆将军富宁安、副将潘之善、参将孙继宗防守哈密、安西、布隆吉尔一线;命驻守吐鲁番的副将阿拉衲率兵二千，往噶斯口堵截;命昌都总兵周瑛、副将张成龙在巴塘、理塘截断罗卜藏丹津入藏之路;清军仅用一年零一月的时间就平息了叛乱。尔后，清朝在青海蒙古各部中划定游牧地界，统一分编为旗，各旗之间以划定的地界游牧，规定各旗之间互不统属，不得私自往来。雍正二年(1724)在柴达木地区的察汗乌苏、得卜特尔、察汗齐老图分别驻兵1000人，色尔腾驻兵5000人。随着青海地区的稳定，清朝将日月山以西地区收归自己的直接统辖之下，1725年，清朝将西宁卫升为西宁府，辖西宁、碾伯二县和大通卫。设置“总理青海蒙古番子事务大臣”，统管青海蒙藏民族的一切政教事务。年羹尧在向清朝上奏的处理《青海善后事宜十三条》中就西宁及其周边的军事部署作了详细考述，指出“应于西宁之北川口外，由上下白塔至巴尔陁海，至大通河，至野马川，至甘州之扁都口，修筑土墙，建筑城堡，”“西宁之北川，既已连接甘州，其间不可无兵弹压。而联络甘、宁之声援者，亦宜添设营汛，使收臂指之效。”“离西宁三百余里在大通河北添设大通一镇，兵三千名，分隶中左右三营。大通镇之南，于适中之地设参将一员，兵八百名。大通镇之北，设游击一员，兵八百名。盐池设副将一员，左右都司二营兵一千六百名。西川口外九十里丹噶尔寺为西川门户，蒙古入口必由之路，应将镇海营参将移驻于彼，添兵足一千名之数。其镇海堡与喇课暗门，各设守备一员，兵二百五十名。南川暗门外十里地名横岭子，应移南川守备于彼，添兵足五百名之数。”清朝依据年羹尧的建议对青海地区的军事防御进行了重新调整和部署，鉴于大通(包括北大通，今门源县和祁边县的部分地区)原属蒙古游牧之地，路达甘州、凉州甚捷，且逼近西宁北川营，形胜险要。所以，雍正三年“筑大通、永安、白塔三城，置官兵分守，置大通卫，隶府。”雍正五年(1727)在今门源设大通镇，设总兵一名，隶属于甘肃提督，标兵设左右二营，兵额3380名，其中步兵1700名，马兵1638名。辖大通、永安、白塔三营。总兵驻大通营，统马兵一千名，步兵一千名;白塔营设参将一员，兵八百名，其中马兵二百四十名，步兵五百六十名;永安营设游击一员，兵八百名。野马川之测尔兔，逼近边境，路通青海，设马兵三百二十名，步兵四百八十名。在今门源设守备，隶属西宁总兵官。使西宁与甘州信息相通。在西宁之北的上下白塔，巴尔托海至扁都口一带，修筑边墙城堡，增兵防守，使之“悉成内地”。黄河以南原属河洲镇管辖的保安堡(原设守备)，添兵至400名，归德堡添设把总一员，兵二百名，俱隶西宁镇管辖。西宁城以北的拉课、暗门，设守备驻扎。西宁南川，设千总驻扎。在波罗冲可克(今茶卡盐池)设副将一员，兵一千六百名驻扎。丹噶尔(今湟源县)路通西藏，逼近青海边隘，雍正五年筑城，六年竣工，驻参将一员，千、把总共三员马步守兵350名。雍正八年，鉴于河州撒拉地方(今循化)俱系回民、撒拉杂居，民风强悍，难以钤制。且与西宁所属巴暖营汛界相连，始立循化营，驻游击一员，千总一员，把总二员，驻兵800名，其中马兵160名，战兵320名，守兵320名。保安堡驻守备，为循化营游击之专辖属营。雍正十三年又以起台堡隶循化营。一营二堡，互为犄角。又在扎什巴(今化隆)筑城，由西宁镇派游击一员，统马步后200名驻城。
雍正五年，西藏地方四噶伦不和，爆发“卫藏战争”。准部首领噶尔丹策零趁机向清朝提出“欲在西藏熬茶社供，广行释教，以安众生”。图谋染指西藏。雍正皇帝认为“噶尔丹策零断非安分守法之人，必致生事妄为”。为了削弱其势力，防患于未然，清朝决定主动出击准部，重新在准噶尔通往青海、西藏等战略要地、险要隘口驻兵防守，由西宁办事大臣从青海蒙古三十旗中挑选兵一千五百名，派台吉率领驻扎在柴达木地区。其中“噶斯地方可驻兵百名，余俱在柴旦木驻牧。柴旦木之西为得布特里，应驻兵六百名。又西为察罕乌苏，应驻兵四百名”。“柴达木至嘉峪关中间应设台站，以便传递文书。”与此同时，驻藏大臣僧格与颇罗鼐在西藏也采取了积极的防御措施，派驻满汉官兵一千名、藏军一千名，出防腾格里达木，扼守准噶尔入藏要道。颇罗鼐长子珠尔墨特策布登统率阿里地区驻兵严防死守。每年秋冬大雪封山之前，僧格还派千总、把总一员，兵丁数十名在青海之玉树、白兔河等处设卡侦探。就在清军准备进发之际，噶尔丹策零借“将罗卜藏丹津解送”给清朝为条件，希望清朝赦其已往。清朝遂暂缓了军事行动。其结果噶尔丹策零趁清军放松警惕之机，偷袭了清西路军的科舍图牧场，又派兵围攻噶斯卡伦，目的是打通噶斯路，抢劫青海牛羊马驼。驻守青海的副都统达鼐于雍正九年正月向清政府报告说:“噶斯卡伦现被贼围，臣将关防交与鼐满岱，且调取西宁绿旗兵三百名防范番子，臣亲率兵出边，往援柴旦木地方。”接到达鼐的报告后，清朝紧急命令二等侍卫殷扎纳前往青海，于左右翼拣选兵丁一万名，在青海紧要适中之地驻扎。噶尔丹策零在派兵进行骚扰的同时，又暗中派人去青海蒙古各部活动，唆使青海蒙古脱离清朝，迁往新疆，依附于准部。在噶尔丹策零的挑唆之下，有些王公、台吉擅自迁离牧地或“扰乱台站，劫掠马匹。”青海地方一度动荡不安。对此，雍正皇帝在同年七月庚辰、八月丁酉、十一月丙寅三次传谕青海蒙古，晓以大理，申明利害，循循劝导，希望他们继续安心驻牧青海。将西安绿营兵1000名，满洲兵100名调赴西宁驻守，加上西宁招募的兵丁2000名，西宁共有兵丁3000多人。并派军队征讨准部，为防备准部与青海蒙古联合侵扰西藏，清朝加强了对柴达木地区的防守力量。鉴于青海蒙古中存在的不稳定因素，战略要地和交通要口不再让蒙古兵丁把守，指示:“柴旦木地方，不必用青海兵丁驻扎，派内地官兵4600名防守。”柴旦木之北伊孙察罕齐老图地方，直达安西、沙洲，为清西路军巴尔库尔军营之后户，“关系最为紧要。”清廷决定在此驻兵一千名或八百名，修筑小城一座，以为捍御，再设卡伦以瞭望贼踪。同年六月，清朝派散失大臣达鼐在柴达木盆地东南部的额色尔津(今诺木洪)地方筑城，这是西宁通往得布特尔卡伦的必经之地。城建成后，派副都统殷扎纳率西宁、大通二镇兵1200名驻扎于此;后因额色尔津“相距西宁远”，有孤悬之虞，故又在其东北的哈尔海图增设军队，使两地互为犄角，西宁镇派马步兵1500名，大通镇派马步兵500名，合计2000名兵丁驻扎哈尔图海地区。次年，清朝又下令修筑西宁地区的边防。清雍正年间青海地区规模最大的一次军事部署力调整，常年在青海驻兵达2万人。如此严密防，用意在于威慑青海境内的蒙藏民族，以期“蒙古不敢觊觎，藏民等也有所依仗”的效果。
1720年，清朝在驱逐准噶尔军出藏后，将西藏地方政权交由西藏贵族噶伦执掌，使其直接听命于清朝。清朝的这一做法引起了自认为应继承拉藏汗而做西藏汗王的罗卜藏丹津的强烈不满。
雍正十三年(1735)，随着新疆战事的结束海局势的平稳，清朝对青海地区的军事驻防又作了调整，将大通镇裁撤，降格为大通协。设副员，都司一员，留千总二员，把总四员，驻兵八镇南之白塔营，设都司一员，留千总一员，把总兵四百名;镇西之永安营，留游击一员，守备一总一员，把总三员，兵六百名。大通协隶西宁治。河州地近极边，原设副将一员，都司一员二员，把总四员，兵一千一百八名，不足以资弹副将为总兵官，添设游击二员，分为左右营，改为守备，添设守备一员，把总四员，兵八百九十以资分拨防汛。并且，撤回了驻扎在柴达木的大部分清军，只在额色尔津、得布特尔(今格一带)、依克柴达木(今海西州大柴旦镇)卡伦100名绿营兵和200名蒙古兵轮流瞭哨。
综上所述，清康熙、雍正时期在青海地区的维护了青海地区的稳定，有效地阻止了新疆准部势力对青海、西藏的侵扰，不仅巩固了边陲，也促进了青海地区的社会经济的发展推动了内地与青海之间的政治、经济、文化等方交流。
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