元朝只是使蒙古帝国失去了东亚南部的领土

元朝末代皇帝元顺帝妥欢帖睦尔既没有战死，率领着王族和所剩的军队撤退到了自己祖先曾经兴起的故地——蒙古高原。

元朝只是使蒙古帝国失去了东亚南部的领土，而大蒙古帝国依然存在。

1368年，元朝与辽、金、西夏等所谓非汉民族政权不同，末代皇帝元顺帝妥欢帖睦尔率领着王族和所剩的军队撤退到了自己祖先曾经兴起的故地——蒙古高原，完成了一次对于东亚人而言，外来政权全身而退的奇迹。这得归功于从成吉思汗开始的扩张，使得蒙古帝国幅员辽阔，汗国、部落林立，而元朝的版图只算蒙古帝国的一小部分，元朝的皇帝又是蒙古帝国的大汗，对于蒙古各大汗国和部落享有宗主权。元廷的北退，只是使蒙古帝国失去了南方中原的领土而已，而蒙古帝国依然存在。

元顺帝病逝后，儿子爱猷识里达腊在哈拉和林继位，并厉兵秣马。1378年，爱猷识里达腊去世，其子脱古思帖木儿继位元朝皇帝。

1399年，分布在叶尼塞河上游沿岸的乞儿吉斯部首领贵力赤取得了统治各部的统治权。
　　
1400年，阿苏特部首领阿鲁台和卫拉特部首领马哈木的联军取得统治权。阿鲁台是起源于高加索，因蒙古西征而进入东亚，元朝军队中有一支由他们组成的军团。而卫拉特部是森林蒙古人中的一个强大的部落，在成吉思汗时代被称为“林木中百姓”，定居在贝加尔湖西岸。

卫拉特人继承了蒙古帝国的汗位，虽然在表面上，他们把自己和其他蒙古人尤其是黄金家族的距离拉得很远，但他们无时无刻不在想着恢复蒙古帝国原来的疆域。

恢复帝国的第一刀他们向东南地区的察合台汗国砍去。脱欢的儿子额森击败了察合台汗国的卫思汗，强娶了他的妹妹哈尼木公主，因为卫思汗是黄金家族，所以这一联姻，使得卫拉特人有了足以号召所有蒙古人的血统。

额森继承其父脱欢的汗位时，蒙古帝国的疆域从巴尔喀什湖延伸到贝加尔湖，又从贝加尔湖延伸到长城附近地区，象征正统的都城哈拉和林也是帝国的领土之一。

1449年，额森进军山西北部、大同附近的明边境。明英宗皇帝及太监王振在土木堡迎战。额森给明军灾难性的打击，歼灭明军10余万，俘英宗皇帝。并带着俘虏英宗帝返回蒙古。三个月以后，额森又一次进军至北京。

1467年，成吉思汗的第27代继承人满都古勒大汗在讨伐他的侄孙和继承人博勒呼济农的一次战争中去世。而博勒呼济农在他能够称汗之前的1470年被暗杀。一度人丁兴旺的黄金家族中，现在仅剩下一个5岁的男孩、博勒呼济农之子达延。

达延的命运及其不幸，家族的长辈都在内讧中死去，小小的孩子孤苦无依，满都古勒汗的年轻遗孀满都海赛音可敦把他置于自己的保护之下。满都海赛音可敦是一个了不起的女人，她不但抚养了达延，还在1470年宣布他为大汗。最为难得的是，满都海赛音可教作为女人率领军队打败了卫拉特人，将他们彻底赶出了蒙古中东部地区。为达延汗日后的统治奠定了基础。

达延汗是蒙古帝国统治时间最长的大汗，从1470年到1543年整整73年。在1481年亲政之后，达延汗镇压了右翼土默特人、兀良哈人的叛乱。并从1497年到1505年间，他对从辽东到甘肃的明边境进行了一系列卓有成效的攻击。

1543年达延汗去世之后，他的孙子博迪继承了汗位。广大的领土被达延汗的众多子孙瓜分，从1544年到1634年蒙古帝国的汗位一直稳固的在达延汗的长支后裔察哈尔部中传承，历经博迪汗(1544-1548年)、库登汗(1548-1557年)、图们札萨克图汗(1557-1593年)、彻辰汗(1593-1604年)和林丹汗(1604-1634年)。

达延汗的长期统治稳定了蒙古帝国汗位传承，当帝国的创建者死后，帝国便成了一种类似联邦式的家族国家，国内的各级首领，都是兄弟或堂兄弟，他们虽然承认察哈尔部的最高权利，但处于相当的独立状态。

随着时间的流逝，察哈尔部的汗位继承者们逐渐失去了足以统治整个蒙古的力量，西方的卫拉特人和东方兴起的通古斯人都是他们可怕的敌人。但这个时候，卫拉特人正在对付哈萨克汗国、沙皇俄国以及内部的绰罗斯家族与和硕特家族。

1604年，林丹继承汗位，接受黄教沙尔巴呼图克图的灌顶戒教，称林丹库图克图汗。林丹汗早已看出后金帝国对于蒙古的野心，因此上从继位始，便开始从新统一各部，自称“统领四十万众蒙古国巴图鲁青吉斯汗”。1627年派兵收服右翼鄂尔多斯、喀喇沁、土默特等部，与喀尔喀部却图汗结为联盟，声威大振，所辖地域东起辽东，西至甘肃。

次年，朵颜兀良哈的苏布台、喀喇沁的达来台吉、土默特和布石图汗、额尔多斯的额仁沁济农以及永谢布、阿苏惕、阿巴嘎、喀尔喀等部联合组成大军十万，在土默特的召城一战中，消耗了林丹汗精锐兵力四万余人。

努尔哈赤时，科尔沁部、扎鲁特部首先附后金。土默特、喀喇沁、兀良哈等部为了避免林丹汗的报复，也投奔了后金。

1625年，林丹汗出兵嫩江，攻打科尔沁部。后金出兵援助科尔沁，林丹汗退走。皇太极即位后，把林丹汗做为主要的敌人。1628年，派遣贝勒阿济格与老哈河上游受林丹汗统治的喀喇沁部会盟，共击林丹汗。9月，皇太极亲率大兵至绰洛郭尔，宴会察哈尔部控制下的敖汉、奈曼、喀尔喀、札鲁特和喀喇沁等部领兵前来的诸首领。林丹被迫退出西拉木伦河流域，至呼和浩特固守。

1632年4月，皇太极西进，林丹汗驱人畜十万渡黄河西退青海，两年后在青海病逝。