明代末年,蒙古族分为三大部分。漠南蒙古有:科尔沁、札赉特、杜尔伯特、巴林、札噜特、奈曼、喀尔喀、茂明窍、乌拉待、喀喇沁、乌珠穆沁、察哈尔、土默特、鄂尔多斯等部。喀尔喀蒙古有车臣汗、土谢图汗、三音诺颜、札萨克图汗等部。漠西蒙古(卫拉特)有准噶尔部、和硕特部、土尔扈特部、杜尔伯特部、辉特部。 嫩江流域以南的科尔沁部、嫩江流域以北的内喀尔喀部向努尔哈赤进献驼马。科尔沁、札噜特,曾多次嫁女给努尔哈齐及其子。
明王朝则拉拢察哈尔部抗衡努尔哈赤。察哈尔部的林丹(土蛮的曾孙)即大汗位,一度控制喀尔喀五部、征服了土默特和喀喇沁、使鄂尔多斯臣服。林丹挟持和威胁蒙古各部,诸部不堪其苦,希图借后金力量摆脱其统治,而后金政权则利用此种矛盾,通过威胁利诱和联姻、联盟政策,积极拉拢蒙古各部。1628年皇太极调遣蒙古土默特、鄂尔多斯、喀尔喀等部兵力,大破察哈尔部;后又集中喀喇沁、奈曼、喀尔喀等部兵力,御驾亲征,占领西喇木伦河和克什克腾,察哈尔部归降者无数。1632年皇太极再次亲征,兵锋直指察哈尔部主营地呼和浩特市,林丹汗西逃青海。1634年林丹汗走死青海,其母率部降金。1635年皇太极俘林丹汗妻子,察哈尔部被征服。其属喀喇沁、土默特和鄂尔多斯诸部,亦尽皆归附,漠南蒙古为后金所统一。
林丹的儿子额哲在上都被后金追上,只好投降,献出了元顺帝当年带走的传国玉玺。 (秦始皇磨和氏璧制作的传国玺传到后唐时,皇帝怀玺自焚,传国玺就此毁灭,石敬塘依样制作了一个新传国玺。后晋亡,这枚传国玺入辽。辽亡,它被抛进桑干河,元世祖时打捞得到。
1636年,漠南蒙古16部49个封建主,承认皇太极为可汗,共奉之为“博克达彻辰汗”尊号。1687年,沙俄和噶尔丹同时入侵喀尔喀蒙古,喀尔喀蒙古各部惨败,各部可汗南下投降清朝。清军在乌兰布通打败噶尔丹,并将之赶出漠北。1691年漠南蒙古49旗王公、漠北蒙古各部之王齐集多伦诺尔,康熙帝宣布喀尔喀蒙古实行旗制,漠北蒙古正式隶属于清朝。建立于十三世纪末的忽必烈鞑靼帝国最终灭亡。清朝统一漠南、喀尔喀、漠西三大蒙古各部后,实行盟旗制度和军府制度。一方面设立理藩院,专门处理对蒙古(含新疆、西藏)的事务,负责制订和研究贯彻对蒙古的政策;另方面,把蒙古族列入以满族统治阶级为核心的政治行政体制,建立直辖中央的军事机构。在蒙古地区,清政府直接派遣将军、都统和大臣等官吏,大多是满人,少数为蒙古人,有很大权力,所有蒙古贵族都要受其节制和调遣。清朝在漠南除盛京将军,黑龙江将军、吉林将军直控今哲里木蒙古地区外,设有绥远城将军、热河都统、察哈尔都统、呼伦贝尔副都统、安北将军、左卫将军等,在喀尔喀蒙古地区设有定边左副将军(乌里雅苏台将军)、科布多参赞大臣、库伦办事大臣。在青海设西宁办事大臣。在宁夏、陕甘地区有宁夏大臣直控阿拉善蒙古,设陕甘总督直控额济纳蒙古。清朝在新疆设伊犁将军,其下设乌鲁木齐都统、塔尔巴哈台和喀什噶尔参赞大臣与领队大臣等等。
清朝在广大蒙古地区实行盟旗制度,盟旗制度主要内容,包括封爵、编佐、置旗、设盟、置官等方面。旗一方面作为清朝赏赐给蒙古贵族的封建领地,另方面又是清政府在蒙古地区设置的相当于县级的行政区域单位。各旗互不统属,每旗设札萨克(旗长)一人管理旗务。旗下基层组织为佐,每150人编为一佐,佐的头领称佐领。札萨克为世袭制,其下官员设协理台吉、章京、参领、佐领、骁骑校等官职,分工管理旗内的军事、司法、行政、土地等。 旗的上层组织为盟,盟设盟长和副盟长各一人,从各旗的札萨克中产生,由理藩院奏报清政府任命。
盟长的主要职责为会同各旗礼萨克处理大事务,接受上诉和会审案件,检阅各旗军事力量。清政府在内蒙古地区实行盟旗制度过程中,除将察哈尔部编为直属于清政府的八旗外,于24部中,共建立49旗,6个盟,其名称为:科尔沁部6旗,札责特部1旗,杜尔伯特1旗,郭尔罗斯2旗,属哲里木盟; 敖汉旗,奈曼旗,巴林部2旗,札鲁特部2旗,阿鲁科尔沁部1旗,翁牛特2旗,克什克腾部1旗,喀尔喀左翼旗,属昭乌达盟; 喀喇沁部3旗,土默特部2旗,属卓索图盟; 乌珠穆沁部2旗,浩齐特部2旗,苏尼特部2旗,阿巴噶部2旗,阿巴哈勒尔部2旗,茂明安部1旗,乌拉特部3旗,喀尔喀右翼部1旗,属乌兰察布盟; 鄂尔多斯部7旗,属伊克昭盟。 1759年,在外蒙地区,将喀尔喀蒙古及西蒙古诸部正式编制,计:土谢图汗部20旗,属汗阿林盟;三音诺颜部22旗,厄鲁特2旗,属齐齐尔巴克盟; 车臣汗部23旗,属克鲁伦巴尔和屯盟;札萨克图汗部18旗及辉特部1旗,属札克必拉色钦比都哩雅诺尔盟。1725年,青海蒙古正式编旗,共置西蒙古和硕特、绰罗斯、辉特、土尔扈特等部28旗,喀尔喀部及诺门罕1旗,为1盟,由西宁办事大臣兼任盟长。1771年,原先迁往中亚伏尔加河流域的土尔扈特部,回归伊犁河流域,清政府把他们安置在天山南北,并编旗设盟:在今新疆巴音格楞州境内的旧土尔扈特部4旗,为南路乌纳思索珠克图盟;今和布克赛尔县境内的3旗,为北烙乌纳恩索珠克盟;今乌苏县境内的2旗,为东路乌讷恩素珠克盟;今博尔塔拉州境内的1旗,为西路乌讷恩素珠克盟。
此外,新土尔扈特2旗,为青塞特奇勒图盟;和硕特3旗,为巴图塞特奇勒图盟。在河套西蒙古地区也建立了旗制。阿拉善地区和硕特蒙古,于康熙年间建立札萨克旗;额济纳地区亦建立了札萨克旗,皆不设盟。乾隆年间,杜尔伯特三策凌率部南附清朝后,于1754年建左翼1旗,辉特1旗,为赛因济雅哈图左翼盟;又建右翼3旗,辉特1旗,为赛因济雅哈图右翼盟。
蒙古族地区盟旗制度较之历史对各民族地区所实行的羁摩政策,有很大的不同。清政府实行盟旗后,由清政府派遣官吏到民族地区进行管理,建立直属于清政府各级行政组织,蒙古地区原有的民族政权组织形式和政治行政制度不再存在,而完全纳入了清政府政治体制之内。 1727年中俄签定《恰克图界约》,肯定了蒙古属于中国,但沙俄的势力也越过了西伯利亚,伸展到贝加尔湖一带,为后来的外蒙独立留下了隐患。 1911年,中国爆发了辛亥革命,沙俄认为分裂蒙古的时机已到,开始培植亲俄势力,并大批发放武器,准备制造外蒙独立。
年底,在沙俄总领事的指挥下,驱逐中国官员,宣布独立,一年后签定《俄蒙协定》《商务专约》,这两个条约确立了沙俄实际统治了蒙古。1913年,,沙俄与袁订立《中俄声明文件》,确认中国是蒙古的宗主国,改“独立”为“自治”。但中国政府不能驻军、移民外蒙,而沙俄可以,蒙古事务需两国协定解决。该条约使中国徒有宗主虚名,而仍由沙俄控制外蒙。1915年再订《中俄蒙协约》,确认1913年的文件。