在清初崇德元年（西元1636年），皇太极创立理藩院的前身“蒙古衙门”，因蒙古部落联合满清联合执政，故将“蒙古衙门”定改为理藩院，专管外藩事务负责处理对蒙古的事务。在三年后，将蒙古衙门正式改为理藩院。随着帝国疆土日渐扩张，理藩院成为管理蒙古、西藏、青海、新疆以及西南土司等各个少数民族事务的行政机关，并兼理对俄罗斯帝国的事务。在顺治元年（西元1644年），顺治将藩院长官‘承政’改名为‘尚书’，副长官‘参政’易名为‘侍郎’，助理‘副理事官’为‘员外郎’，并在随后的顺治十六年（西元1659年），让理藩院尚书、侍郎兼任礼部的官衔，将‘理藩院尚书’定为‘礼部尚书衔掌理藩院事’，将‘参政’改名作‘礼部侍郎衔协理理藩院事’。在顺治十八年（西元1661年），顺治皇帝认为理藩院管理整个外藩事务，责任重大，附属于礼部不合适，便下谕此后理藩院官员不用兼礼部官衔，理藩院各长官又复称理藩院尚书和理藩院侍郎，顺治同时也规定理藩院官制与六部看齐，并授权理藩院尚书可参与中枢议政。
理藩院的首长为尚书，名额一人，由满人出任，官阶从一品，统理院内一切事务；副首长是侍郎三人，其中左右侍郎二人由满人出任，蒙古侍郎一人由蒙古贝勒之中选贤出任，官阶从二品；郎中十二人，由宗室一人、满族三人、蒙古八人所组成，官阶正五品，分掌院内各司事务，是处理各项庶务的中级官员；员外郎三十六人，由宗室一人，满族十人、蒙古族廿五人组成，官阶从五品，一般为闲职；堂主事六人，由满族二人、蒙古三人，汉族一人；校正汉文官二人，皆由汉人出任，作翻译工作；司务两人，满族蒙古族各一人；各司主事十人，分别由两个满族官及八个蒙古族官组成；银库司官、司库、司使合共五人，全由满员出任；笔帖式九十五人，分别为满族官三十四个、蒙古官五十五人、汉族官六人，负责翻译奏章、文书抄写、检查奏章满汉蒙三文之间的校注。全院共设官一百七十二人，另有吏一百四十七人协助院务。
理藩院分司六个，分掌不同事项，四个司分掌外蒙古、新疆蒙古族、青海暨西藏（即所谓‘外扎萨克’）及内蒙古（即所谓‘内扎萨克’）的内部行政及对朝廷关系事务、一个掌管新疆回部及西南土司各部、最后一个司主理各外藩司法事宜。
旗籍清吏司：掌管内扎萨克所属24个部落49个旗的划定疆界、封爵、内部会盟、驿递、军旅等内部行政事务。设满族郎中1人、蒙古族郎中2人、宗室员外郎1人、满族员外郎1人，蒙古族员外郎2人，满族主事1人，满族笔帖式5人，蒙古族笔帖式10人，经承2人，帖写书吏2人。
典属清吏司：掌管外扎萨克划定疆界、封爵、内部会盟、驿递、军旅、蒙藏各地喇嘛事宜、察哈尔各族牧民事宜、少数民族地区贸易等内部行政事务及俄商来恰克图贸易等事宜。设满族郎中1人、蒙古族郎中1人、满族员外郎2人，蒙古族员外郎6人，满族主事1人，蒙古族主事1人，满族笔帖式4人，蒙古族笔帖式6人，经承1人，帖写书吏2人。
王会清吏司：掌管内扎萨克所属24个部落49个旗王公的朝贡、俸禄、赏赐等对朝廷关系事务。设满族郎中1人、蒙古族郎中2人、满族员外郎2人，蒙古族员外郎3人，蒙古族主事3人，满族笔帖式3人，蒙古族笔帖式8人，经承2人，帖写书吏1人。
柔远清吏司：掌管外扎萨克王公及蒙藏各地喇嘛的朝贡、俸禄、赏赐等对朝廷关系事务。设宗室郎中1人、满族员外郎2人，蒙古族员外郎7人，蒙古族主事1人，满族笔帖式2人，蒙古族笔帖式9人，经承2人。
徕远清吏司：在乾隆二十六年（西元1761年）设立，掌管回部扎萨克及四川土司之政令及对回部的赏赐、封衔等事宜。在设蒙古族郎中1人、满族员外郎1人，蒙古族员外郎4人，蒙古族主事2人，满族笔帖式3人，蒙古族笔帖式5人，经承2人。
理刑清吏司：分掌外藩各部的刑罚事件，如修订惩治外藩的法律。而理藩院驻扎各外藩的司员，会参加审理关符外藩的案件及判决。判决是遣罪（发配犯人流徙边远地方）以上者，均需汇报理藩院总部以及会同刑部或三法司覆审及执行。设蒙古族郎中2人、满族员外郎2人，蒙古族员外郎4人，蒙古族主事1人，满族笔帖式2人，蒙古族笔帖式5人，经承1人。
理藩院尚管辖内馆、外馆、蒙古学、唐古特学、托忒学、俄罗斯学、木兰围场（清代皇家猎苑）、总管驻京喇嘛印务处（负责管理北京，东、西陵，热河，五台山等各喇嘛寺院的工作）、则例馆（处理部门内的法律条文、定例、办事程序、文案）等机构，以及派出司员，笔帖式作为中央朝廷在外藩的驻官，处理外藩事务，定期轮换。
在咸丰十年十二月（1861年1月 ）成立总理各国事务衙门以后，兼办对俄外交事务的作用被总理衙门接管。在光绪三十三年（1907年）九月，清末新政实行行政改革期间，改名为理藩部，由寿耆出任尚书，清亡后帝国改组作统一的共和国，中古式的外藩概念及封贡体系己不合时宜，在五族共和的理念下，各外藩变成了现代民族国家中华民国的一部分，理藩部再无存在的必要，遂废。
