北京第一历史档案馆保存着明清两朝中央政府及部分地方机构的历史档案，共计1000余万件，除去明代档案仅有的3000余件，全部为清代档案。这些档案，从时间上看，包括1607至1911，以及溥仪退位后1912年至1940年间形成的档案，时间跨度长达330余年。从书写的文字来看，用双文书写的档案800余万件，用满文书写的档案200余万件，也有一部分用蒙古文、藏文、托忒文、察哈台文和外文书写的档案。从公文种类来看，主要包括皇帝颁发的制、诏、诰、敕、谕、旨、寄信，官员呈递的题、奏、表、笺、后，各官府衙门之间移行来往的咨文、照会、札付、交片、牌文、咨呈、呈文、申文、关文、详文等等。从内容上讲，可谓包罗万象，涉及面极为广泛，包括内政、政法、民族、宗教、财政、军事、农业、牧业、水利、矿业、交通、工程、文化、教育、天文、地理和外交等方面。第一历史档案馆保存的非汉民族文字档案作为清代国家机关处理政务过程中自然形成的公文档案，具有客观性和真实性，是研究历史的最原始、最直接的第一手材料，其他任何一种文献资料都无法替代，具有十分重要的研究价值。同时，也是非汉民族国家的历史凭证。清朝是历史上以满蒙联合上层统治为主体建立起来的政权，是最后一个帝王王朝，历时290余年之久。清朝定满语和蒙古语为国语，加以推广使用，但在公文的书写文字方面，并未推行单一的标准，而是多元化的，使用的文字主要有满文、蒙古文、藏文和汉文等。清代皇帝及中央国家机构与漠南蒙古、漠北蒙古、新疆、青海和西藏等地区民族首领间的来往文书，或用蒙古文书写，或有几种文字合璧书写。所以，有清一代，从中央到地方的各级机构中，就形成了大量的蒙古文档案。清代各级机关对其处理政务过程中形成的公文十分重视，不仅将原件按一定的顺序排列保存，而且将重要的文书按编年体或纪事本末体逐件抄录成册，以备案查和修史之用，并设有专门的机构、官员进行保管。由于历史上的战乱、灾害等诸多原因，无论是清代的非汉民族文字档案，还是汉文档案，几经厄运，并没有完全保存下来。然而，保存至今的清代非汉民族文字档案数量仍为巨多，仅第一历史档案馆保存的蒙古文档案就有3万件 (册)。这些蒙古文档案主要分布在“内秘书院档”、“蒙古堂档”、“礼科题本”、“理藩院档案”和“内扎萨克喀喇沁左翼旗档案”等项档案内，同时还包括各朝蒙古文实录。
“内秘书院档”、“蒙古堂档”、“礼科题本”均属内阁全宗的档案。内阁是辅助皇帝办理政务的中枢机关之一。天聪三年 (1629)设立文馆，崇德元年 (1636)改文馆为内三院，即内国史院、内秘书院、内弘文院。顺治二年 (1645)内翰林官分隶内三院，各院皆冠以“内翰林”，分别称为内翰林国史院、内翰林秘书院、内翰林弘文院。顺治十五年 (1658)改内三院为内阁，顺治十八年 (1661)复改内阁为内三院，康熙九年 (1670)又改内三院为内阁。嗣后，成为定制，至宣统三年 (1911)责任内阁成立，内阁被撤销。内阁全宗的“内秘书院档”、“蒙古堂档”内的蒙古文档案，都是或按时间顺序、或按文书种类，或按相关内容汇抄公文而形成的簿册。在二十世纪20年代，将“内秘书院档”、“蒙古堂档”内的蒙古文档案及“内阁留存理藩院记事档”、“内阁留存蒙古文折件”，大体上按“文种—时间”原则进行整理，并编有文件级目录。因这部分蒙古文档案多系清初形成的档案，当时统称为“蒙文老档”。
二十世纪80年代开始，第一历史档案馆分别于1988年和1994年与内蒙古自治区档案馆达成合作整理蒙古文档案的协议并付诸实施。1999年内蒙古自治区档案馆萨·那日松编写出版 《蒙古文档案事业发展简史》(蒙古文)一书，以较大篇幅介绍了清代蒙古文档案的形成、收藏、管理和流传情况，为人们利用蒙古文历史档案提供了线索。从1994年开始，中国第一历史档案馆满文部安排人员，对馆藏蒙古文档案进行系统的加工整理，首先将馆藏各朝蒙古文实录，按“版本—朝年”原则整理，编制了目录。接着，对其余的蒙古文档案进行整理。在此次整理过程中，将原先被称为“蒙文老档”的这部分档案，按“机构—文种—时间”原则，进行了重新分类整理，共分“内阁留存蒙古文折件”、“内阁留存理藩院记事档”、“内秘书院内翰林院蒙古文档簿”和“内阁蒙古堂档”(此部分档案，末按语种分，包括满文、蒙古文、藏文等)四个部分。其中“内阁留存蒙古文折件”、“内阁留存理藩院记事档”，已于1997年由中国第一历史档案馆满文部李保文编辑，以《十七世纪蒙古文文书档案 (1600一1650)》之名，正式出版发行。
开发和利用清代蒙古文档案，发挥其应有的价值和作用，第一历史档案馆、内蒙古自治区档案馆、内蒙古大学蒙古学研究中心合作，将所有"内秘书院内翰林院蒙古文档簿"编辑成册，冠以《清内秘书院蒙古文档案汇编》(以下简称《汇编》)之名，陆续正式出版发行。辑入本《汇编》的“内秘书院内翰林院蒙古文档簿”共33册，约计2000余件，起止时间为崇德元年 (1636)至康熙九年 (1670)。其内容主要反映清王朝与漠南蒙古、漠北蒙古、新疆、青海和西藏等地区的政治、经济、军事、民族、宗教、文化等方面关系，以及清王朝对以上地区的统治政策和当时发生的有关重大事件等方面。如：崇德元年(1636)漠南蒙古十六部二十四个封建主勤见皇太极，上尊号“宽温仁圣汗”，拥戴其为共主；皇太极于盛京召集满、蒙、汉等首领、官员，宣布国号为大清，改元祟德；顺治元年(1644)明朝驻守山海关将军吴三桂附清并引清军入关占领北京；顺治八年(1651)顺治皇帝宣告摄政叔父望多尔衮罪行的诏书;顺治三年 (1646)蒙古苏尼特部腾机思事件;顺治十二年 (1655)清朝与漠北喀尔喀蒙古结成友好盟约;顺治九年 (1652)清政府邀请五世达赖喇嘛迸京并册封等等。另外，还直接或间接地反映了蒙古林丹汗政权的机构设置、职官名称以及宗教习俗方面内容。
《汇编》是迄今公开出版的第一部大型蒙古文历史档案汇编，其辑入的蒙古文档案，绝大部分属首次公布。它的编辑出版，将会大大提高清初蒙古文档案的利用率，为蒙古史、边疆史、民族关系史和清史研究提供系统可靠、丰富翔实的第一手资料。同时，对研究蒙古语言文字方面提供丰富的材料。为了保持历史档案的原貌，辑入本 《汇编》的档案，逐件缮拟标题，编制目录，不作注解，以影印形式出版。蒙古文目录作了汉译。
目前由于蒙古文历史档案的整理、编译、研究和出版工作尚处于起步阶段。《清内秘书院蒙古文档案汇编》全套共七本，定价896.00元,
