台湾蒙元史学界一直以姚从吾教授为首,他长期主持台湾大学辽金元史研究室,专门从事蒙元史的研究和教学。在中国学术界,姚从吾是较早对《蒙古秘史》进行全面研究的学者,他与札奇斯钦合作的《蒙古秘史译注》,发表于《台湾大学文史哲学报》9-11 期。姚从吾去世后,台湾出版《姚从吾先生全集》,其中蒙元史方面论文计有:《说〈蒙古秘史〉中的推选可汗与立太子》、《忽必烈与蒙哥汗治理汉地的歧见》、《蒙古灭金战役之分析》、《说〈元朝秘史〉中的蔑儿干》、《十三世纪蒙古人的军事组织、游牧生活、伦常观念和宗教信仰》、《〈黑鞑事略〉中所说窝阔台汗胡丞相事迹考》等。
蒙古族学者札奇斯钦先后完成了《〈蒙古秘史〉新译并注释》与《〈蒙古黄金史〉译注》。札氏还著有《蒙古与西藏历史关系之研究》一书共20章,系统论述了历史上的蒙、藏民族关系。札氏认为,蒙古族与藏族自13世纪交往以来,关系异常密切,"这种关系深深影响了两个民族的发展,同时这两者间的关系对于中原的历史,也有深切的影响"。札氏《蒙古史论丛》一书,是其蒙古史论文的合集,主要有:《〈元史〉中几个蒙古语名词的解释》、《从〈蒙古秘史〉和〈黄金史〉看蒙古人的价值标准和道德观念》、《说〈元史〉中的"达鲁花赤"》、《说〈元史〉中的"必dū@⑥赤"并兼论元初的中书令》、《说〈元史〉中的"札鲁忽赤"并兼论元初的尚书省》、《说元代的宣政院》等。札氏所论多有创见,体现了他在蒙古史学上的造诣。
袁国藩、哈勘楚伦、孙克宽、黎东方等台湾学者都发表过有关蒙古史的学术论文。
台湾学界十分重视史籍与工具书的出版。1976年,台湾"故宫博物院"将所藏元刊本《元典章》影印后出版,这是目前《元典章》的最佳版本。1979年至1983年,新文丰出版公司陆续出版了《元人传记资料索引》5册。这是目前篇幅最大的一部元人文献索引。 全书所收人物达1700人以上,著录各类典籍达800余种,实用价值颇高, 为台湾学人在蒙元史研究领域的一大贡献。