蒙古族分为漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古三个部分。除了漠南蒙古早已归属清朝外,其他两部也都臣服了清朝。唯独漠西蒙古的一支准噶尔部一枝独秀,立屹与西域。本来在伊犁一带过游牧生活。
自从噶尔丹统治准噶尔部以后,先兼并了漠西蒙古的其他部落,又向东进攻漠北蒙古,漠北蒙古。康熙派使者到噶尔丹那里,叫他把侵占的地方还给漠北蒙古。噶尔丹不但不肯退兵,还以追击漠北蒙古为名,大举扩充疆域至漠南。
康熙召集大臣宣布他决定亲征噶尔丹。他认为噶尔丹的气势不容忽视也不容小视,他野心不小。于是,公元1690年,康熙分兵两路:左路由抚远大将军福全率领,出古北口;右路由安北大将军常宁率领,出喜峰口,康熙亲自带兵在后面指挥。
右路清军先接触噶尔丹军,吃了败仗,全军覆灭。噶尔丹长驱直入,一直打到离开北京只有七百里的乌兰布通(今内蒙古昭乌达盟克什克腾旗)。噶尔丹大军势如破竹,派使者向清军要求交出他们的的归属地。
康熙命令福全反击。噶尔丹把几万骑兵集中在大红山下,后面有树林掩护,前面又有河流阻挡。他把上万只骆驼,缚住四脚躺在地上,驼背上加上箱子,用湿毡毯裹住,摆成长长的一个驼城。叛军就在那箱垛中间射箭放枪,阻止清军进攻。
噶尔丹看准形势,战略转移,派喇嘛到清营谈判。福全连忙派人向康熙帝请示。康熙帝下令说:“别中了贼人的诡计。”果然,噶尔丹求和谈判只是缓兵之计,等清军奉命追击的时候,噶尔丹已经率军转移到到漠北去了。
噶尔丹回到漠北,招兵买马,加强和扩充实力。公元1694年,噶尔丹约康熙会见,订立盟约。但是噶尔丹不但不来,还派人到漠南武装起义。噶尔丹道:他们已经向沙俄政府借到长枪兵六万,将大举进攻。内蒙古各部亲王纷纷暗地里支持葛尔丹,准备率部起义。
公元1696年,康熙无奈第二次亲征,分三路出击:黑龙江将军萨布素从东路进兵;大将军费杨古率陕西,甘肃的兵,从西路出兵,截击噶尔丹的后路;康熙亲自带中路军,从独石口出发。三路大军约定时期夹攻。
康熙的中路军到了科图,遇到了敌军前锋,但东西两路还没有到达,这时候,有传说漠北蒙古和内蒙古加上沙俄将要出兵帮助噶尔丹。随行的一些大臣就有点害怕起来,劝康熙回北京。康熙气愤地说:“我这次出征,没有见到叛贼就退兵,怎么向天下人交代;再说,我中路一退,叛军全力对付西路,西路不是危险了吗?”
当下,康熙决定继续进兵克鲁伦河,并且派使者去见噶尔丹,告诉他康熙帝亲征的消息。噶尔丹在山头一望,见到康熙大军已到,随即拔营转移,战术撤退。康熙一面派兵追击,一面赶快通知西路军大将费扬古,要他们在半路上截击。
噶尔丹带兵奔急行军五天,到了昭莫多(在今蒙古人民共和国乌兰巴托东南)正好遇到费扬古清军。昭莫多原是一座大树林,前面有一个开阔地带,历来是漠北的战场。噶尔丹在小山的树林茂密地方设下埋伏,先派先锋四百人诱战,边战边退,把清军引到预先埋伏的地方,噶尔丹军对先下马步战,听到号角声起,就一跃上马,占据了出顶。清军向山顶进攻,噶尔丹军从山顶放箭发枪,展开了一场激战。噶尔丹又派出一支人马在山下袭击清军辎重,前后夹击。清军死伤惨重。
经过两次大战,康熙诱惑劝降噶尔丹投降,但是噶尔丹继续抵抗。隔了一年,康熙又带兵渡过黄河亲征。这时候,噶尔丹原来的根据地伊犁已经被他侄儿策妄阿那布坦占领;他的左右亲信听说清军来到,也纷纷投降,愿意做清军的向导。噶尔丹见形势不妙,随即转移。
随后,清政府重新控制了阿尔泰山以东的漠北蒙古,经谈判,满清联姻蒙古贵族,建立满蒙联合帝国,满清皇帝血液流有一半的蒙古人的血液,从血统和政治双重联姻,蒙古各部高度自治,只有外交等权利属康熙,汉人和满人不准移民蒙古属地,不准通婚与蒙古人,不准通商蒙古属地,不准开垦蒙古草原,给蒙古贵族各种高等级封号,以“汗”称号蒙古贵族,比满族的八旗亲王规格还要高。清政府又在乌里雅苏台设立将军,统辖漠西、漠北蒙古。
后来,噶尔丹的侄儿策妄阿那布坦率领卫拉特蒙古军攻占西藏。公元1720年,康熙无奈又派兵远征西藏,驱逐了策妄阿那布坦蒙古军,护送达赖喇嘛六世进藏。以后,清政府又在拉萨设置驻藏大臣,代表中央政府同达赖、班禅共同管理西藏。